测序数据质量统计软件fastqc,multiqc

简单用法

fastqc test1.fq # 处理一个文件
# -t ${threads}   -q # 屏幕不输出信息
 
# 处理多个文件
fastqc *fq
ls *fq|xargs fastqc

利用循环语句

for file in $(ls *fq);do fastqc $file;done

for file in `ls *fq`;do fastqc $file;done

# 后台执行，并行处理
for file in `ls *fq`;do fastqc -t 2 $file &;done

打开结果

浏览器直接打开

# MacBook shell
open -a Safari  multiqc_report.html

Mulitqc合并多个fastqc.html 文件成一个html文件

multiqc -h
# Usage: multiqc [OPTIONS] <analysis directory>

multiqc ./   # -n 输出文件名  -o 输出目录