实验送样、数据分析样品、组名命名规范

俗话说巧妇难为无米之炊，而样品就是“米”，没有样品，就无法开展实验，无法获得数据，无法毕业，无法发文章。鉴于样品的重要性，非常有必要对样品进行详细且规范的记录，方便他人也方便自己。以下根据小编工作经验，并参考相关资料，总结下几个样品名、组名命名小技巧，欢迎补充！

1.样品名唯一性

不管是自己做实验还是外送公司做实验，同一批送的样品，样品名字要唯一，不能有重复。

错误示例（×）：a1，a2，a3，a4，a5，a5

正确示例（√）：a1，a2，a3，a4，a5，a6

错误说明：错误示例中有两个a5，如果我们要对a5样品进行PCR，那么到底是处理第1个a5，还是处理第2个a5？

2.样品名要有意义，简单、易读

样品名要根据实际样品属性进行命名。

错误示例（×）：a，b，c，d，e，f

正确示例（√）：con_1，con_2，con_3，exp_1，exp_2，exp_3

错误说明：遇见这种纯字母的样品名，如果没有额外的记录，那么1个月以后，连你自己都无法区分你的样品了。并且reviewer看到这种样品名后，他也很难知道你哪些是对照，哪些是实验，第一印象就不好。

3.样品名不能过长或过短，尽量保持均衡

样品名长度无论对于实验人员还是分析人员都是一种挑战。

如果样品名过长：

1）在录入计算机时会更容易出错(因为需要打的字更多)。

2）仪器或者软件识别不了很长的名字，例如如果以样品名作为excel的sheet名，那么长度不能超过31，超过就会截断。

3）出图的时候，长的样品名会影响图的布局或者拼图，名字可能会被截断，或者出现图被缩小或者看不见的情况。想象一下你的样品名长度为256个字符，那么这个名字在任何图上都会出问题。

4）同一批样品名字有长有短，影响视觉效果。例如做热图时，名字有的很长，有的很短，短的名字下面会出现大片空白区域。

                                         图1. 非常长的名字影响图的布局和美观度

错误示例（×）：human_tissue_control_sample_24_hour_BCG_1, human_tissue_control_sample_24_hour_BCG_2

正确示例（√）：BCG_1，BCG_2

错误说明：错误示例中，当利用样品名作为sheet名写到excel中时，会写入失败，因为human_tissue_control_sample_24_hour_BCG_1和human_tissue_control_sample_24_hour_BCG_2会被截断成相同的名字human_tissue_control_sample_24_，而excel中是不允许有两个sheet名一样，此时就会报错。

4.样品名尽量使用英文体系名字

样品名一般使用英文字母和数字组合进行命名。请勿使用罗马数字，中文等

错误示例（×）：样品1（25%药物处理）

正确示例（√）：s1_25pct

错误说明：使用计算机处理样品名时，如果不专门设置，中文名或者罗马数字会出现解码错误。例如可能会报：Non-ASCII character on line 1, but no encoding declared的错误。

5.样品名缩写要遵循常规设定

错误示例（×）：对照样品命名为cl_1，cl_2，cl_3

正确示例（√）：对照样品命名为ctrl_1，ctrl_2，ctrl_3

错误说明：ctrl一般认为是control的缩写，尽量不要自己随意制造缩写。

6.样品名区分大小写

错误示例（×）：con_1,Con_1

正确示例（√）：con_1,con_2

错误说明：由于windows系统上，不区分大小写，因此样品名con_1和Con_1是一个，违背了上面的样品唯一性规则。

7.尽量避免同时使用1、l和I；以及0和O等

错误示例（×）：l1,Il,1l

正确示例（√）：尽量不要将数字1，字母l和字母I放一起。

错误说明：由于不同字体展示英文字母的形式不一样，因此常规情况下，我们肉眼很难区分I、l和1（分别是大写字母I、小写的字母l和数字1），或者难以区分0、O和o（分别是零、大写的字母O和小写的字母o）。

                                                          图2. 数字1还是字母l

8.尽量避免使用纯数字

错误示例（×）：1，2，3，4，5，6

正确示例（√）：s1，s2，s3，t4，t5，t6

错误说明：由于纯数字既可以作为纯数字（integer）,又可以作为字符串（string）,因此在编程语言中尽量避免使用。

9.尽量避免使用特殊符号

错误示例（×）：s-1,s-2,s-3

正确示例（√）：s_1,s_2,s_3

错误说明：如无特殊处理，R语言默认会把“-”变成“.”,所以请尽量避免使用。

                                                           图3. 特殊符号

10.尽量避免使用系统或者程序内置关键词

错误示例（×）：con

正确示例（√）：ctrl

错误说明：由于windows系统中con为系统关键词，所以我们不能将我们的样品名写作con，因为这个名字的文件根本没法在windows系统上创建，会报“指定的设备名无效”错误。

                                             图4. 常见内置关键词（避免使用）

11.注意区分6和9、Z和2

特别对于手写的样品名，如果将6倒过来看就变成9了（图5）；而2和Z的手写体也较难区分。

                                            图5. 6还是9？（此处请将手机倒置查看）

正确的一般是在数字下面加一横线，在Z中间加个小横线，写成Ƶ。

12.样品名不能带空格

错误示例（×）：sample 1

正确示例（√）：sample_1

一般编程语言都是不允许使用带有空格的变量名的，因此尽量避免在样品名中使用空格，可以使用下划线“_”代替。

13.命名方式一致性

错误示例（×）：s1，sample2，sample_3,sample-4

正确示例（√）：s1,s2,s3,t4,t5,t6

错误说明：错误示例中样品名的规则很乱，让人看着不舒服。

14.比较时组名顺序

错误示例（×）：control vs experiment

正确示例（√）：experiment vs control

一般我们比较的时候都是实验组vs对照组，因此，请将实验组写在前面，对照组写在后边。否则比较的时候，有可能会比反（也就是上调变下调，下调变上调）。

                                           图6. 组名顺序不一样，上下调反了

样本名、组名不仅是给自己看的，也是给实验人员，数据分析人员，reviewer看的，因此要认真对待自己的样品名，这也是一个优秀科研人员的基本素养。

附：R变量命名规则

1）变量名是区分大小写的，比如：变量y和变量Y两者是不同变量；

2）变量名的首字母不能是数字和符号，比如：2y和_xy都不能作为变量名；

3）变量名不能包含空格号，比如：my name不能作为变量名，可以用my.name或者my_name替代。

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