蛋白对接_分子模拟软件Discovery Studio教程(二)：精准的分子对接技术

Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。

本章节中，利刃君将使用Discovery Studio 2016来进行精准的分子对接。通过简单的实例学习蛋白质结合位点的定义、精准分子对接的方法以及对接结果的查看与分析。

一、受体结合位点的定义

受体结合位点的定义对于分子对接的准确性以及打分结果都很重要，一般有三种方法，一是配体扩张法，即以原配体（共晶化合物）所在位置为活性中心扩张一定的范围，那么此范围内的氨基酸残基则定义为活性位点；二是文献检索法，即我们通过文献检索的方法找到文献已报道的活性位点来定义结合位点；三是软件预测法，即通过分子模拟软件分析最有潜力的结合位点。

总得来说，我们定义结合位点可归纳为两种：

• 基于指定位点定义结合位点；
• 基于蛋白空腔寻找有潜力的结合位点。

我们首先需通过File打开一个蛋白三维结构，我们依然以Trk-A蛋白6PL1为例，打开蛋白后，依照上节的方法对蛋白进行预处理，然后需要先将该蛋白定义为受体，方便后续进行分子对接。

在工具浏览器中，点击Receptor-Ligand Interactions>Define and Edit Binding Site>Define Receptor，以上操作即可将蛋白分子6PL1定义为受体分子。

1.在指定位置寻找结合位点

①配体扩张法

由于该蛋白有共晶化合物，因此，我们可以设置配体所在位置为活性中心。

在工具浏览器中，点击Receptor-Ligand Interactions>Define and Edit Binding Site，然后在系统视图中点击选中Ligand Groups，此时可以在显示窗口中配体分子已被选中，变为黄色，随后点击From Current Sel