干货分享 | 分子对接与分子动力学模拟在药物研发中的应用

前言

分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分，在生物学研究中不断发挥着重要的作用。分子对接与分子动力学技术可以深入地阐述分子间的相互作用，并可以形象地解释相互作用的机理，特别是在药物开发中有着重要的应用，目前已经成为阐述生物学机理的重要研究方法。分子对接与分子动力学技术还为预测生物大分子复合物结合类型与相互作用模式提供了重要的工具，并为进一步试验提供了有益的参考依据和理论支撑。鉴于两种方法的重要作用，我们在此对分子对接与分子动力学研究方法，进行初步介绍。

1、分子对接

1.1

分子对接基本原理

分子对接技术(Molecular Docking Method, MDM)是指通过计算机模拟将小分子(配体)放置于大分子靶标(受体)的结合区域，再通过计算物理化学参数预测两者的结合力(结合亲和性)和结合方式(构象)，进而找到配体与受体在其活性区域相结合时能量最低构象的方法。配体与受体结合时，彼此存在静电相互作用，氢键相互作用，范德华相互作用和疏水相互作用[1,2]。

1.2

分子对接的分类

各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。

刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。

半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子构像发生一定程度的变化，但通常会固定大分子的构像，另外小分子构像的调整也可能受到一定程度的限制，如固定某些非关键部位的键长、键角等，半柔性对接方法兼顾计算量与模型的预测能力，是应用比较广泛的对接方法之一。

柔性对接：柔性对接方法在对接过程中允许研究体系的构像发生自由变化，由于变量随着体系的原子数呈几何级数增长，因此柔性对接方法的计算量非常大，消耗计算机时很多，适合精确考察分子间识别情况。

1.3

分子对接的基本流程</