rsem比对_一个初学者的LncRNA分析之路（一） - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛

最近在做LncRNA分析流程，大致分析要点如下：

1，已知转录本的表达定量，差异分析：

1.1利用RSEM以Ensembl的参考基因组序列及gtf注释文件为参考，计算样品中所有已知RNA的表达；

以小鼠为例 参考基因组序列下载方法如下(shell脚本)：

for i in $(seq 1 19) X Y MT;

do echo $i;

done

gunzip *.gz

for i in $(seq 1 19) X Y MT;

do cat Mus_musculus.GRCm38.dna.chromosome.${i}.fa >> mm10.fasta;

done

rm -fr *.fa

1.3分析完成后，根据gtf文件中“gene_type”信息注释表达结果

1.4 KEGG，GO，GSEA富集分析

2.利用HISAT2进行比对

2.1 hisat2-build建立索引

2.2 hisat2比对

3.利用cufflinks进行转录本组装，并筛选候选新转录本

3.1 cufflinks组装得到每个样品的转录本组装结果transcript.gtf

3.2 组装结果过滤，过滤参数如下：

1)FPKM>=0.5

2)Coverage>3

3)Length>200

3.3 利用cuffmerge将所有样品过滤之后的转录本合并：

ls *transcripts.gtf >mergelist.txt #将过滤后的“transcripts.