VariantRecalibrator参数详解VariantRecalibrator
-badLodCutoff 当LOD得分低于这个值的时候,就用于构建高斯混合模型的bad variants。默认值是-5。
-maxNumTrainingData 构建高斯模型过程中,用于训练的最大位点数目。如果超过这个数目,将被随机删除。默认值是2500000。
-minNumBad 构建高斯模型的bad variants时的最少低质量值得位点数。
-recalFile 用于ApplyRecalibration的输出文件。
-resource 已知的变异信息。
-rscriptFile 结果中生成图片的脚本。
-tranchesFile 用于ApplyRecalibration的tranche结果输出文件。
-tranche 设置tranche阈值。
-an 选择填加注释信息。
更多其他参数参考:
http://www.broadinstitute.org/gatk/gatkdocs/org_broadinstitute_sting_gatk_walkers_variantrecalibration_VariantRecalibrator.html
ApplyRecalibration参数详解ApplyRecalibration
-ef 输出结果中不显示被过滤掉的位点。
-lodCutoff VQSLOD值低于这个值就过滤掉。
-recalFile 上一步生成的recalFile。
-tranchesFile 上一步生成的tranchesFile。
-ts_filter_level 上一步中确定的tranche值。
更多其他参数请参考: http://www.broadinstitute.org/gatk/gatkdocs/