文件过滤_vcf文件的过滤vcftools

好像最近大家都在做过滤，借此整理一下

plink对文件格式敏感，更容易报错，所以我先使用vcftools过滤，后续的LD过滤，文件格式转换，pca的时候再使用plink

stacks流程测试数据

特点：没有chromsome信息，没有质量信息，只记录了一个等位基因的信息

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMATun      13      1_11    T       C       .       PASS    NS=59;AF=0.034;locori=p GT:DP:ADun      18      1_16    G       A       .       PASS    NS=59;AF=0.068;locori=p GT:DP:ADun      46      1_44    G       A       .       PASS    NS=59;AF=0.025;locori=p GT:DP:ADun      105     2_7     C       A       .       PASS    NS=50;AF=0.010;locori=p GT:DP:ADun      134     2_36    A       T       .       PASS    NS=50;AF=0.380;locori=p GT:DP:ADun      187     2_89    T       G       .       PASS    NS=50;AF=0.010;locori=p GT:DP:AD

(1) 查看样本缺失情况，计算缺失值

vcftools --vcf ./batch_1.vcf --missing-indv##生成文件：.imiss/.logcat out.imissINDV    N_DATA  N_GENOTYPES_FILTERED    N_MISS  F_MISSPCI16.1 1416    0       99      0.0699153PCI17.1 1416    0       119     0.0840395PCI18.1 1416    0       166     0.117232PCI20.1 1416    0       190     0.134181PCI23.1 1416    0       113     0.0798023PDI17.1 1416    0       282