rMATs软件的介绍与使用

　　rMATs是一款分析RNA可变剪切事件的软件，其最大特点是考虑了replicate，还针对配对样本（在医学方面很多都是tumor和normal配对）建立了统计模型，如此以来，得到的结果相对来说也更好。具体可参考文献《rMATS: Robust and flexible detection of differential
alternative splicing from replicate RNA-Seq data 》，软件的下载和使用参见http://rnaseq-mats.sourceforge.net/index.html

　　在分析的到最终结果时，虽然软件官网有对结果的介绍，但看到结果开始一脸懵逼。

现结合自己的理解，记录下，防止以后又忘了

fromGTF.XX.txt系列：

应该是直接从GTF文件和数据文件读出的结果

SE：skipped exon

RI：retained intron

MXE:mutually exclusive exons

A5SS:alternative 5' splice site

A3SS:alternative 3' splice site

fromGTF.novelEvents.XX.txt:从数据文件发现的新的可变剪切事件

XX.MATS.JC.txt和XX.MATS.JCEC.txt是JC.raw.input.XX.txt和JCEC.raw.input.XX.txt经过统计模型分析后的结果，多了p值和FDR值

至于xx.txt文件头文件的含义，在biostar上已经有人回答的非常清楚了

ID    GeneID    geneSymbol    chr    strand    riExonStart_0base    riExonEnd    upstreamES    upstreamEE    downstreamES    downstreamEE    ID    IJC_SAMPLE_1    SJC_SAMPLE_1  IJC_SAMPLE_2    SJC_SAMPLE_2    IncFormLen    SkipFormLen    PValue    FDR    IncLevel1    IncLevel2    IncLevelDifference

 

转载于:https://www.cnblogs.com/zhengzh/p/8196491.html