NCBI|宏基因组原始数据上传

最新推荐文章于 2024-07-23 15:54:04 发布
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文章标签： 深度学习 ncbi
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本文详细介绍了如何将宏基因组原始数据上传到NCBI，包括申请Biosample、BioProject和SRA编号的步骤，并提供了表格填写及错误处理的指导，最后提醒提交后1-2天会收到数据上传成功的邮件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

小编最近学习了关于NCBI数据上传的操作，今天给大家演示宏基因组原始数据上传NCBI的操作，宏基因组原始数据上传NCBI共分为三步，下面小编就为大家一 一讲解吧！希望对大家有所帮助~

第一步申请Biosample编号

1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进行注册或登录，操作如下：



如果你有NCBI账号可以直接登录

如果你没有NCBI账号，就可以进行注册操作

你可以选择以下注册平台进行注册

2.注册完成后，就可以进入NCBI页面啦~

3.点击上传模块，开始申请编号操作啦！

点击我的提交

进入Biosample

点击新的提交

4.接下来填写提交者的基本信息（注意不要出现中文哦！）

5.点击继续按钮，选择释放日期和样本数量

6.选择样品的类型，小编这里以环境样品为例选择

7.填写表格数据，小编以下载Excel表格为例进行操作：

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上传宏基因组数据到SRA
ganganganglab的博客
12-02 3527
上传宏基因组数据到SRA关于attribute和metadata 关于attribute和metadata 看到网上千篇一律的上传教程，还有讨论点解要上传的（-=-?）。为人为己，马克一下这次肛肛上传趟过的坑。web版 https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/ 点开就能看到，整个过程大概有以下步骤： SUBMITTER GENERAL INFO PROJECT INFO BIOSAMPLE TYPE BIOSAMPLE ATTRIBUTES SRA METADATA
如何到NCBI提交基因组
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03-29 6230
1 步骤和说明 NCBI官方说明 点此处打开提交基因组页面 以下例子：纯菌的基因组草图用于新菌鉴定。 1.1 提交基因组数据到 NCBI 需要什么？ .fsa 格式的基因组数据； fsa 就是用公司返回的 .sqn 的数据改为 .fsa 后缀，里面是 fasta格式 的逐条 scarfold 或者 contig。 每条序列有唯一的编号，例如contig1，长度不超过50，其他说明不是...
提交高通量测序原始数据到 SRA --- 操作流程
最新发布
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07-23 938
Web 浏览器上传，通过 HTTP 或 Aspera Connect 插件，但是如果您要上传超过 10 GB 或超过 300 个文件，请勿使用 Web 浏览器 HTTP 上传。第四项要填写样本类型，比如小鼠样本，就选择 Model organism or animal，其他样本在选项中找到对应类型即可，填写完成后点击 Continue。：fasta 文件，仅当您提交针对 NCBI 组装的 BAM 文件时需要，提供比对过程中使用的自定义组装 fasta 文件的名称（例如 Mouse.fasta）。
宏基因组数据提交GSA实操手册—发表文章前必备技能
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
02-21 5297
文章目录GSA简介开始前准备：注册/登陆新建BioProject数据上传批量提交样本信息01 提交者信息02 基本信息03 样本类型04 样本属性05 元数据信息实验样品信息测序样品信息06 文件上传07概况信息常见问题数据上传速度上传Clean data还是Raw data上传宏基因组数据是否要去除宿主猜你喜欢写在后面 GSA简介 GSA是Genome Sequence Archive的缩写，即...
NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据
bioyigene的博客
10-17 2459
本篇文章把上传数据（扩增子测序）的步骤尽可能详细的整理出来，希望能对各位科研工作者有所帮助。其它类型数据上传讲解将依次在后续推文中奉上，大家持续关注哦！
微生物16S数据上传NCBI的SRA库
Xf_Niu的博客
12-24 4622
本篇内容仅包括：俺自己的实验收集了淡水、淡水沉积物、海水、海草附着微生物样品，测序所得的Fastq格式数据，在文章投稿发表时被要求数据需上传NCBI的SRA库，得到一个PRJNA2347899这样子的IDs。仅解决了这个上传过程！
向NCBI上传16S rDNA数据的操作详解
yue81560的博客
07-09 2万+
专门介绍向NCBI上传16S rDNA数据的方法不太多。因为自己有上传数据的需要，所以决定边摸索边写下操作流程。如果这篇博文交代了上传步骤以及一些描述文件属性的书写，帮到你的话，还请点赞收藏。
NCBI数据上传（四）：小基因组数据
bioyigene的博客
11-14 2112
数据上传系列已经给大家相继推送了扩增子、转录组、蛋白组学原始数据上传教程，有不少老师在基因组上传过程中也存在着一些疑问，反馈说能否把细菌、病毒、叶绿体和线粒体等小基因组数据上传流程整理发布下，所以这篇小基因组数据上传的推文也就马不停蹄地给大家整理出来啦！话不多说，小基因组数据上传详细步骤给大家奉上!
NCBI|16S原始数据上传
weifanbio的博客
10-20 9304
小编前两天为大家演示了宏基因组数据上传的操作，今天为大家演示16S数据上传的操作，供大家参考，而宏基因组和16S数据上传大同小异，最大的不同就是表格的填写，大家要仔细观察哦~ 小编最近学习了关于NCBI数据上传的操作，今天给大家演示宏基因组原始数据上传NCBI的操作，宏基因组原始数据上传NCBI共分为三步，下面小编就为大家一 一讲解吧！希望对大家有所帮助~ 第一步申请Biosample编号 1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进行注册或登录，操作如下：
NCBI上传序列命令行工具,aspera_cli
04-27
NCBI上传序列命令行工具,aspera_cli，适用于SRA数据库
原始数据上传 NCBI最新攻略（扩曾子）
醉月伐桂戏嫦娥的博客
07-07 3993
写在前面：大家发表文章或者储存数据等，可能会用到NCBI。那么，到底怎么上传呢？初传着可能会碰到各种疑问，可能试了好多次，无果，咨询同门仍是无果，大家涉及的内容有动植物微生物等，转录组、基因组等等不一，方法也不尽相同。为了避免多走弯路，下面就给大家介绍一下扩曾子数据上传NCBI的步骤： 1.打开网站，找到提交处，并注册登录 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 登录后，新提交 第一步 第二步 第三步 第四步：可能是最麻烦的一步 示例EXCEL 之后，点继续下一步，同样下载示例，修改填
linux上传数据到sra,通过Linux命令行使用Aspera全速上传测序数据到NCBI数据库
weixin_42144201的博客
05-12 1942
每试错一次，就离本质就更近一步。----小蓝哥为什么要上传数据师姐找我帮忙上传宏基因组数据到NCBI，大概是45G。NCBI提供了很多种可供选择的上传方式： 多丰富多彩的上传方式没有海外节点 + 学校的龟速网速，网页上传的速度可想而知，ftp又很容易断，据说Aspera上传能够达到满速上传，就想试一下。Aspera有浏览器插件，下载试了几次都不行。决定试一下命令行方式。前前后后上传了大约100G数...
宏基因组生信分析方法介绍
tinygene的博客
05-10 4260
随着高通量技术的发展，宏基因组学（metagenomics）已经成为研究微生物群落物种及功能的前沿科学，在肠道微生物、环境微生物等研究领域具有广泛应用。宏基因组学通过对微生物群落全部DNA进行高通量测序，将测序序列与公共数据库进行比对或从头组装出微生物基因组，从而识别微生物群落的物种和功能基因。 目前主流的宏基因组数据分析方法包括三种：基于测序结果进行组装的分析方法；基于reads直接和已知数据库进行比对的方法；基于分箱bin的方法。 常用到的分析工具见下图： 一、基于组装 数据分析从下机.
最新 NCBI 上传测序数据教程 （图文详解）
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Baimoc
04-14 2万+
1、登录或注册用户 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/ 2、进入SRA 网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/ 向下滚动，找到Sequence Read Archive (SRA)工具，点击Submit 2、新建提交 3、按要求填写信息 4、使用ascp ascp -i /mnt/h/work/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d /mnt/h/work/ncbi_upload/raw/ sub
宏基因组数据提交GSA指南
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GSA简介GSA是Genome Sequence Archive的缩写，即基因组序列存档，由中科院基因组所主办。网址：http://gsa.big.ac.cn/之前介绍过NCBI提交测序数...
NCBI数据库—上传16S rRNA测序数据
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NCBI上传16S rRNA测序数据 1.登陆NCBI官网 NCBI官网链接 2.选择上传序列类型 上传16S rRNA测序数据，直接选16S rRNA就可以，然后弹出上传数据集的类型，选择SRA 3.注册NCBI账号 选择SRA后，会弹出如下的一些提示信息，直接选择submit即可； 3.1 进入提交信息页面 进入正式提交信息的页面；注意此处的“My submissions”选项，注册完账号后，仍需返回这里 3.2 注册NCBI账号 选择右上角的登陆账号—>选择ORCID登陆/注册（已经申请
原始数据极速上传NCBI SRA教程
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转录组数据上传到ncbi
12-13
转录组数据是指对生物体中的转录本进行测序获得的RNA序列数据。将转录组数据上传到NCBI（National Center for Biotechnology Information）是为了共享和存档这些数据，以便研究人员可以进行后续的分析和比较。 首先，我们需要准备好转录组数据的文件，通常是以FASTQ格式存储的序列数据文件。接下来，我们需要访问NCBI的网站，进入Gene Expression Omnibus（GEO）数据库。在GEO数据库中，我们需要创建一个新的实验以上传我们的数据。 上传数据的第一步是填写实验信息。这包括实验的名称、描述、样本信息等。我们需要提供足够的详细信息，以便其他研究人员可以了解实验的目的和样本来源。 接下来，我们需要上传转录组数据文件。在GEO数据库的网站界面上，有一个可以选择文件上传的选项。我们可以选择转录组数据文件所在的位置，并进行上传。上传完成后，GEO数据库会对文件进行验证，确保数据的准确性和完整性。 最后，我们需要确认上传的转录组数据的相关信息，并提交验证。在提交之前，我们可以预览上传的数据，检查是否正确并符合预期。一旦确认无误，我们可以点击提交按钮，将转录组数据上传到NCBI的GEO数据库中。 上传完成后，我们会收到一个与我们的数据关联的唯一标识符，可以用于引用和查找我们的数据。其他研究人员可以通过该标识符访问和下载我们上传的转录组数据，从而进行后续的研究和分析。 总之，将转录组数据上传到NCBI需要准备好数据文件，填写实验信息，上传数据文件，确认并提交上传。这样，我们的转录组数据就可以在NCBI的数据库中共享和存档，促进科学研究的进展。
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