seqkit根据基因id_小麦注释基因不同ID之间的转换

自2014年国际小麦测序联盟(IWGSC)发表了基于染色体长短臂的小麦参考基因组之后，小麦注释基因主要经历了三个主要的版本：IWGSC CSS版(2014年)、TGAC版和IWGSC 2017年版(RefSeq v1.0、v1.1和即将释放的v2.0)。在这期间发表的文章不可避免地使用了不同的注释版本，这对我们进行文献总结和开展后续研究带来了一定的困扰。各个版本基因ID之间的相互转换可以利用在线BLAST工具，但转换的效率不高。我们利用这次推送，将这三个主要版本之间的ID转换关系进行整理，希望能为大家节省一点时间。

进行不同ID之间的转换可采用Local BLAST的方式：1. 以最新的RefSeq V1.1注释版本为参考，利用makeblastdb创建BLAST数据库；2. 分别利用不同的基因注释版本当做Query序列进行Local Blast，参数选择“-num_algnments 1，-num_threads 8，-outfmt 6”，并按照TAB格式输出结果；3. 利用awk筛选blast结果，标准如下：identity > 99.5%，length > 100，e-value == 0.0；4. 利用Perl脚本以RefSeq V1.1为模板进行格式化输出为csv格式；5. 利用Excel软件打开数据文件，结合INDEX和MATCH函数批量转换。

相关数据下载(包含全部数据，可根据需要批量转换)：

注：基因组相关数据可参考我们之前推送的文章：小麦基因组测序研究进展。

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