vcf和bed的位置信息区别

vcf和bed的位置信息区别

vcf和gff一般是从1-base开始计数，也就是文件里所代表的的位置是染色体的真实位置
bed文件一般所代表的位置是从0开始计数的，是一个半闭合区间，也就是(0,200]表示一个长度为200bp的序列，起始位置在染色体上其实是1到200的位置

pysam在处理的时候和bed是类似的，也是一个半闭合的区间，同时也是从0开始计数的。
samtools则是从1开始计数

• 根据位置信息提取序列的方法

samtools提取

samtools faidx Vv.12X.dna.toplevel.new.fa 14:6372587-6372787 4:1854642-1854842 >result3.fa

bedtools提取

bedtools getfasta -fi Vv.12X.dna.toplevel.new.fa -bed snp.pos.newname.bed -name -fo result4.fa

pysam提取

>>> import pysam
>>> ref = pysam.FastaFile('Vv.12X.dna.toplevel.new.fa')
>>> Chr,Start,End = '14','6372587','6372787'
>>> print(ref.fetch(Chr)[int(Start)-1:int(End)])

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