不同参考基因组版本间 bed vcf文件转换

UCSC FTP path
ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/

1. 通过liftover转换bed文件坐标

1.1 下载转换的chain文件

http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#human
hg19转hg38 的chain

wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz

hg38转hg19 的chain

wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz

1.2 下载liftover

可以参考之前的 hunman参考基因组下载及索引建立 中下载的ucsc tools ，使用里面的 liftOver

hg19 bed 转hg38

./liftOver hg19.bed  hg19ToHg38.over.chain.gz hg38.bed unmaped.bed

2. 通过 picard 转换 vcf 坐标

2.1 picard 下载，以及建立基因组索引

可以参考之前的 hunman参考基因组下载及索引建立

2.2 vcf坐标转换

java -jar picard.jar LiftoverVcf \
   I = input.vcf.gz  \
   O = output.vcf.gz \
   CHAIN = hg19ToHg38.over.chain.gz \
   REJECT = unmap_variants.vcf \
   R = hg38.fa  # ref genome