Gromacs分子动力学模拟流程概述

Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤，不同的体系步骤可能略有不同。

在开始之前，先简单了解一下预平衡：

分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样，然后计算体系的能量，各种化学键，成分分析等等。打个比方说，我们有一个蛋白质，我们想将它放入一种溶液中（可能是水，也可能不是），然后看看这个体系的能量如何变化，蛋白质的化学键，与水分子形成的氢键等等信息，那么我们需要将蛋白质放入溶液中，映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中，然后等体系稳定后，观察其性质。

在MD中，这一过程不向现实中一样是自然发生的，我们需要通过模拟是体系演化到平衡状态，这就是预平衡。一般来说预平衡会有以下办法：

• 蛋白质结构能量最小化：PDB文件都是从晶体中获得的，所以蛋白质放入溶液中后必然会发生变化，这就需要对其进行能量最小化，确保蛋白质的结构是稳定结构。
• 蛋白质位置限定性模拟：有时加入溶剂后，分子间相互作用力会过大，导致蛋白质体系崩溃。这时我们需要限制蛋白质中重原子的位置，维持其结构，等溶剂分子弛豫之后再放开限制进行模拟。
• NVT预平衡，NPT预平衡：一般先做NVT模拟，减小盒子内压力，然后再做NPT模拟。

以上步骤当然不用全做，视情况而定，不过一般蛋白质能量最小化和位置限定性NPT还是要做的。

以下是分子动力学模拟的步骤，有些步骤可以省略。

1. 获取并处理PDB文件

一般PDB文件是从网站上下载，如http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do。获取PDB文件后有可能还要做一些处理，如末端氢原子，结晶水，等等。视情况而定。

　　  2. 使用pdb2gmx获得拓扑文件

命令pdb2gmx的详细信息可以参加http://manual.gromacs.org/programs/gmx-pdb2gmx.html。具体的命令参数我会在另一篇文章中详述。一般而言，我们使用时会是向下面这样：

gmx pdb2gmx -ff amber99sb-ildn -f *.pdb -o *.gro -p *.top  -water tip3p

-ff 选项，制定要使用的力场；

-f选项，制定输入的PDB文件；

-o选项，制定生成的gro文件名

-p选项，制定要生成的拓扑文件名

-water选项，制定要使用的水分子模型