antiSMASH数据库：微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

2017年4月28日，核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上，在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版，前3版年均引用250次，累计引物1600+；可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测。

 

临床上使用的大部分抗生素和药物均来自植物或微生物的天然产物。结合基因组挖掘的经典分离与分析法使得能鉴定和描述基于宏基因组的天然产物途径，该过程与研究结果是天然产物研究领域中在近二十年来较为创新的技术。为使该技术能为更为广泛的研究者使用，许多精确的软件被建立。antiSMASH自2010年开放以来，在次生代谢物基因组挖掘上带来了重要的影响。然而，antiSMASH只能分析一个（单独的）基因组来进行基因组挖掘，它不能提供基因组之间的交叉或相互连接的功能关系。因此，研究者在文章中建立了antiSMASH数据库，该数据库包含了所有NCBI GenBank数据库上公布了（截止至 2016年5月27日）的可用的细菌基因组信息（3907生物物种的8883条信息）。

 

antiSMASH数据库能为研究者提供一个使用方便、注释了的生物合成基因簇最新集合，可以让研究者在提供复杂的问题之后轻松地进行基因组之间的分析。作者在文章中提供了antiSMASH的相关网站信息，并在实例中以链霉菌中核糖体合成并进行转录后翻译且不是lantipeptides的基因簇进行搜索，为读者提供了直观的介绍。

 

# 官方主页