antiSMASH的使用

最新推荐文章于 2024-06-04 10:05:31 发布
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分类专栏： 生信 文章标签： python 开发语言
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版权

https://docs.antismash.secondarymetabolites.org/

antismash--抗生素与次级代谢物分析壳

1、安装

使用conda安装

conda create -n antismash antismash
conda activate antismash
download-antismash-databases
conda deactivate

调用与运行

conda activate antsimash

antismash my_input.gbk

运行命令

1、快速运行

在没有参数的情况下运行反混杂将运行核心检测模块和所有快速群集特定的分析步骤。将不会运行更耗时的选项，例如群集刷新分析、基于群集的 PFAM 注释、smCoG 树生成等。在四核机器上，使用这些选项运行腔状链霉菌基因组大约需要两分钟

antismash streptomyces_coelicolor.gbk

2、最小运行

使用参数运行反混杂只会运行核心检测模块，不会运行特定于集群的分析步骤。在四核机器上，以最小模式运行腔状链霉菌基因组大约需要一分钟。通常，我们建议在没有该选项的情况下运行，因为默认的快速运行只会在一分钟的运行时内生成更有用的结果

antismash --minimal streptomyces_coelicolor.gbk

3、全功能运行

antismash --cb-general --cb-knownclusters --cb-subclusters --asf --pfam2go --smcog-trees streptomyces_coelicolor.gbk

antiSMASH数据库：微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测
weixin_30877755的博客
08-01 1111
2017年4月28日，核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上，在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版，前3版年均引用250次，累计引物1600+；可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测。 临床上使用的大部分抗生素和药物均来自植物或微生物的天然产物。结合基因组挖掘的经典分离与分析...
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使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
Asa12138的博客
05-08 3046
antiSMASH是一个用于识别和分析微生物中生物合成基因簇（BGCs）的工具。本文介绍了antiSMASH的使用方法和分析流程。
antiSMASH在线及本地运行（含批量）
weixin_58269397的博客
04-07 2714
对于完整的基因组，运行ClusterBlast、 KnownClusterBlast、SubClusterBlast、ActiveSiteFinder, TTA codon detection 、自动模式下的TTA密码子检测、次级代谢物簇同源组预测和特定簇的详细注释采用如下参数（参数，antiSMASH 使用 blastp 来将氨基酸序列比对到已知的次级代谢 clusters 或 subclusters 上，来寻找 query 序列中的基因簇。可以同时上传*.genome.fasta和*.genome.
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antismash7.00安装、使用及常见错误
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antiSMASH是目前寻找代谢基因簇最好的软件，一般情况下，参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列，基于指定类型的模型，可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。
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05-15
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04-12
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聚簇的识别和预测可以通过antiSMASH使用的ClusterBlast和KnownClusterBlast算法进行，这些算法将识别的目标簇与antiSMASH数据库和MIBiG数据库中已知簇进行比较，以确定其功能和结构。 而非聚簇则是指不包含核心生物...
antiSMASH安装
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antiSMASH是目前寻找代谢基因簇最好的软件，一般情况下，参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列，基于指定类型的模型，可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。在antiSMASH中，将次级代谢基因簇分为了24类。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。 安装antiSMASH： # 使用conda环境 # 添加源 conda config --add channels bioconda conda config -
Antismash
senayao的博客
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antiSMASH安装与使用
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antiSMASH本地安装 简要： antiSMASH的本地安装需要安装很多的依赖包，本文章使用conda辅助安装 参考： 官方：https://docs.antismash.secondarymetabolites.org/install/ 文章：http://blog.sciencenet.cn/blog-3416913-1240614.html 依赖包下载 conda install -y diamond=0.8.36 conda install -y fasttree=2.1.9 conda ins
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文章目录antiSMASH数据库第2版：次级代谢产物生物合成基因簇的综合资源划重点摘要背景材料与方法基因组数据的选择antiSMASH注释和数据导入结果与讨论表1. antiSMASH数据库基因簇统计与第一版比较表2. antiSMASH数据库第1/2版各类基因簇数量和增加幅度图1. 数据库的统计摘要结论数据和代码参考文献猜你喜欢写在后面 之前我们介绍过《antiSMASH：微生物次生代谢物基因...
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