液晶弹性自由能计算_Gromacs结合自由能计算教程（二）

如何计算自由能？

筱朗：Gromacs结合自由能计算教程（一）​zhuanlan.zhihu.com

续上回讲到的，上一章简要介绍了自由能计算的相关背景与炼金术热力学途径。这一节将会讲解计算炼金术自由能中每一步热力学过程所涉及的自由能计算方法。

首先回顾一下炼金术热力学的途径，我们会涉及到一个讲研究对象从其环境中解耦和的过程，在这个过程中我们会先后且逐步地关闭与环境的静电作用与范德华作用，保证相邻模拟间尽可能大的相空间重叠，降低自由能计算的不准确性。再次强调这个过程是分开进行的，并且静电作用总是先于范德华力解耦以避免正负电荷过于近的不合理接触（范德华力的交换互斥项可以避免这种不合理接触）。

另外，