ncbi查找目的基因序列_如何利用NCBI查找某物种的特定基因CDS序列和蛋白序列

一、 应用场景

需要表达某物种的特定蛋白或基因

二、 序列获取方法：

1. 打开NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov）

2. 点击下图红色箭头指示的下拉框

3. 找到下图所示的“Gene”

4. 选中“Gene”，在右边的搜索对话框中输入需要查找的基因名称。下图以 “DNA连接酶”为例，在对话框中输入 “DNA Ligase”，再点击最右边的Search。

5. 出现如下页面，找到“Search results”。红线指示的就是物种的名称

6. 仅仅搜索“DNA Ligase”会出现很多物种的DNA连接酶，我们在准备表达一个蛋白前，需要通过文献、专利或者竞品说明书确定具体物种的特定蛋白。

7. 比如通过前期查找文献、专利等资料确定需表达T4噬菌体来源的DNA ligase，那么可以在搜索框中输入“T4 DNA ligase”，出现如下页面。

8. 下拉页面，找到下图红线框所示“mRNA and Proteins”，点击下图所示的“See identical proteins and their annotated locations for NP_049813.1”

9. 出现下图所示，这是不同的人上传的序列。点击箭头所示的链接

10. 出现下图所示页面，页面中包含该序列出现在那篇文献中，以及对应作者的信息等

11. 下拉页面，可以找到蛋白序列和对应的CDS序列（使用原核表达系统表达真核生物来源蛋白，一定要找到CDS序列而不是整个基因序列）

注意：

1. 搜索某特定物种的蛋白时，可能需要尝试不同的关键词，才能找到对应的序列。

2. 找到的对应核酸序列必须是CDS区序列，蛋白序列和CDS序列找到其中一种即可。

三、序列合成

确定表达系和具体的表达载体后，将序列发送给基因合成公司进行密码子优化和序列合成。可要求基因合成公司将目的序列直接放在表达载体的特定位点，无需再进行克隆改造。