ncbi查找目的基因序列_如何使用 NCBI 查找基因序列、mRNA、Promoter

有不少人询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对...... 其实这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。

我将结合我自己使用 NCBI 的一些经历跟大家交流一下 NCBI 的使用。主要有以下四部分内容：如何查找基因序列、mRNA、Promoter

如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列

运用 STS 查找已经公布的引物序列

如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性

今天我们就先讲第一部分：如何查找基因序列、mRNA、Promoter。这里主要用到的是Map viewer，我们以人的 IL6(白细胞介素 6)为例讲述一下具体的操作步骤。

1. 打开 Map viewer 页面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html，在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如下图所示。

2. 点击 GO 出现如下界面。

3. 在步骤 2 图示的右下角有一个 Quick Filter，在 Gene 前面的小方框里打勾，然后点击 Filter。出现下图:

染色体上的红色区域即为你的目的基因所处位置。下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的。经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致࿰