gwas snp 和_eQTL和GWAS还可以这样玩

背外侧前额叶皮层中条件eQTL的图谱与精神分裂症GWAS的共定位

摘要：

本文利用467例人脑样本的基因型和基因表达水平进行了全面分析，展示了特定细胞或时间背景下提高GWAS关联映射的条件eQTL信号。条件eQTL普遍存在，63％具有主要eQTL的基因也具有条件eQTL，与条件eQTL相关的基因组特征与基因表达的背景特异(例如组织，细胞类型或发育特定的时间点)调节一致。整合精神分裂症GWAS和eQTL数据显示40个基因座有力证明具有共定位，包括具有条件eQTL共定位的6个基因座。共定位分析支持验证以前研究的基因，也可以识别与精神分裂症(SCZ)风险相关的新基因。

介绍：

全基因组关联研究(GWAS)位点内的致病基因和突变可以通过整合GWAS统计数据和表达数量性状位点(eQTL)来识别，并确定哪些变异同时存在于GWAS和eQTL信号之下。然而，大多数分析只考虑边缘eQTL信号，而不是将该信号分解为多个条件独立的每个基因信号。eQTL可以作为GWAS中识别的众多非编码遗传关联之间的联系，并通过与基因表达调控的关联直接对常见疾病产生易感性。eQTL映射研究的结果能用于识别各种复杂表型的GWAS基因和致病突变位点。与主要eQTL相比，条件eQTL在组织中的共享频率较低，并且像组织和细胞类型特异性eQTL一样，它们调节的基因通常更远端。条件独立的eQTL可能有助于组织特异性或其他背景特异性基因调节。疾病风险可能通过条件eQTL介导的一种机制就是突变体破坏组织特异性的增强子&