eqtl-GWAS和GWAS-GWAS

目前教程中有eqtl-GWAS和GWAS-GWAS两种模式,其他模式比较少见,还未进行开发

数据类型cc为分类变量即case/control,quant为连续变量,eqtl数据默认quant

coloc.abf有两个比较需要注意的点,就是数据集中N是代表样本量,当表型为分类变量(cc)时,需要传入s(case占总样本量的比值)

PP.H0

表型1与表型2在区域减的所有SNP无显著相关

PP.H1/2

表型1与表型2在区域内的SNP位点显著相关

PP.H3

表型1与表型2在区域内的SNP位点显著相关,但是不同的因果变异位点

PP.H4

表型1与表型2在区域内的SNP位点显著相关,且是同一个因果变异位点

结果只需要查看后验概率PP.H4,代表两个性状在同一个位点的后验概率,范围在0-1之间,越高越好

部分文章也会参考H3+H4

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