热图(heatmap)用不同的颜色和颜色的深浅来直观的展示数据之间的差异。在测序类的文章里,几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作,今天这篇文章主要介绍利用R语言的 pheatmap包制作热图的简单小例子。pheatmap是R语言中专门用来制作热图的工具包。首先我们需要安装R和Rstudio。接下来就是安装pheatmap包了。
install.packages("pheatmap")
library(pheatmap)
使用pheatmap进行热图绘制
准备数据,最简单粗暴的方式,从Excel中复制,
现在Rstudio中复制这一段代码
Exp<-read.delim(file="clipboard",header=T,row.names=1,sep="t")
随后,复制excel里的表达矩阵