go kegg_不到五分钟，做出连强迫症都满意的KEGG通路图！

如此高逼格，才配得上我的paper!

当我们通过高通量实验(芯片、测序、IP-质谱)或公开数据库(GEO、TCGA、Oncomine)下载分析获得的差异表达分子列表后，在后续的功能注释过程中，几乎都会涉及到KEGG注释及富集分析。

那么当我们找到某些感兴趣的基因或通路后，能不能仅用我们感兴趣的基因绘制漂亮的KEGG代谢通路图呢？就像下面这样的！

答案是肯定的，今天小编给大家分享两种自主绘制高逼格KEGG通路图的方法，让大家通过点点点就能追上那些女神般的Pathway。

方法一

登录www.uniprot.org网站，点击 Retrieve/ID mapping按钮，跳转新界面。

将Excel表里面GeneSymbol基因拷贝至Provide your identifiers下面的输入框中。

接着分别设置select options下面三个为Gene name、UniProtKB、Homo sapiens (Human)[9606]，然后点击submit按钮，可跳转新页面显示转换的结果。

左方导航栏里点击Reviewed的按钮，右方表格上方有Download按钮，将格式改为Excel，点击Go下载表格。

将压缩包解压后，打开Excel表，将转换后的网页第二列即Entry这一列拷贝到原来的excel表里面。

然后打开KEGG官网www.kegg.jp ，在 KEGG 首页，点击 KEGG Mapper。

在 KEGG Mapper页面点击Search & Color Pathway。

将转换好的基因以及标记的颜色从Excel中黏贴至输入框中。一般设定用红色标记上调的分子，蓝色标记下调的分子，有特殊需要可以特殊标记。

然后设置其他参数， Organism-specific默认为hsa、Optional use of outside ID选择uniprot、Include aliases勾上不变，最后点击下方Exec按钮。

在跳转的页面里，显示检索的结果，可以看到一共有138条通路被富集到了，这些检索的结果就是后续柱状图的素材来源。

点击信号通路，可进入通路图谱页面，这里可以打开参与通路分子最多的信号图谱看一下；

点击最末尾的数字，下方展开分子列表，如点击这里的“10”，显示参与这条通路的10个分子。

先将KEGG Mapper Search Result中的数据结果按分子数量整理一个表格，收集5-10个分子这个区间，一共有26个通路。

然后，在excel表里面进行数据转置，由竖行排列转置为横行排列。

打开prism8软件，选择column，然后点击Create按钮，

将横置后的数据拷贝至data1中，点击Graphs中的Data1，在跳出窗口中选择第4个选项，点击OK。

通过调节柱子颜色、X轴和Y轴长度和名称等个性化设置后，就可以获得好看的横向柱状图。

方法二

Pathview本是一个通路可视化友好的R包，支持多组学数据映射(基因/蛋白-代谢)。现阶段更是开发出了一个界面友好的在线工具界面Pathview网页版，成为了一个能在相关通路图上绘制、整合和呈现各种生物学数据的数据库。

该网站不仅可以提供简单的交互式访问，还能生成高质量的超链接图形。而在正式分析前，我们需要将感兴趣的通路和基因整理成以下表格，第一列为基因名称(各种Id,symbol都可)，后面几列为相对表达值。

而后，将预准备好的基因和表达水平从excel拷贝到txt文本，保存。

接下来，进入Pathview官网https://pathview.uncc.edu/ ，右上角注册后登录，如果有账号可以直接登录，没有账号的也可以直接点击Quick Start。

在新的页面中点击New Analysis，再点击Gene Data右边的选择文件按钮，选择刚才保存的txt文件。

在新跳出窗口的左边选择前3个作为对照组，右边选择后3个作为实验组，点击close，如果点错了还能回去继续修改。

接下来Gene ID Type格式选择uniprot，Pathway Selection选择Auto，点击Submit按钮；

等进度条走完，再点击Analysis Result and logs按钮，可以看到结果汇总有3条通路。

点击链接即可出现相应的通路图：PI3K-AKT通路、Apotosis通路、Focal Adhesion通路。 至于为什么KEGG Mapper检索出来有136条，而Pathview最终却只有3条通路，而且这3条归属于136条之内：这是由于数据库收录来源和算法不同等客观原因造成。