基因结构图的0_在线网站绘制基因结构图！

最新推荐文章于 2024-03-01 11:21:40 发布
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本文介绍了Gene Structure Display Server这款在线工具，用于绘制基因结构图，包括外显子、内含子和UTR的位置。支持BED、GenBank、GTF/GFF3和FASTA等数据格式，还可结合进化树和其他基因信息进行高级绘图。教程涵盖了数据输入、图片修改保存及添加额外信息等步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

小编今天给大家介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server，简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构，清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图，展现基因结构与系统进化关系。

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打开这个工具，它的界面如下：

3fdee84ca4c1d1ad10d085cf451448db.png

1.数据输入类型

绘图的输入文件有四种类型的数据可选：

BED :大家可以在基因组GFF文件筛选基因的这些信息，第一列是基因ID，第二列是起始位置，第三列是终止位置，第四列是基因在这个位置是外显子还是UTR，第四列是注释信息，第四列可以不要

GenBank Accession Number or GI：可以从GenBank获得，要注意的是你输入的Accession Number or GI必须包含有mRNA序列

GTF/GFF3：基因注释文件(包含基因的结构信息，具体信息可以自行百度，有详细解释)，可以在数据库中下载基因组的G

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weixin_39626586
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2007年8月,29(8):1023―1026ISSN0253-9772www.chinagene.cn研究报告收稿日期:2006−12−09;修回日期:2007−02−04基金项目:国家重点基础研究发展规划(973计划)项目(编号:2003CB715900),教育部博士后基金(编号:20060390012),国家高技术研究发展计划项目(国家863计划)和国家科技大平台项目资助[S...
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为了满足科研同伴绘制基因组类型circos图的需求，联川生物近期推出了circos云工具，功能强大，操作简单，接下来将以下图为例，教大家如何使用circos云工具绘制一张高颜值circos图。文中图片绘制所用的示例数据，可以在文末找到下载地址。01打开云工具首先打开联川生物云平台circos云工具：https://www.omicstudio.cn/tool/50选择circos绘图-基...
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准备文件 Exon-Intron Graphic Maker 工具链接：http://www.wormweb.org/exonintron
使用gsds绘制基因结构图_使用 GSDS 绘制基因结构图
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当前页面是本站的「Google AMP」版。如遇图片显示错误，或发表评论请点击：完整版 »GSDS 是由北京大学生物信息学中心提供的用于显示基因外显子、内含子、保守元件的组成和位置的一个在线服务，全英文界面。由于有些地方不是很好操做，这里把我的步骤列在下面。sequence (FASTA)格式GSDS 2.0 目前提供四种格式：BED、GenBank Accession Number or GI、...
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可以使用Python的matplotlib库绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图。下面是简单的代码示例： 绘制曼哈顿图： ```python import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt # 读取数据 data = pd.read_csv('gwas_results.csv') # 计算-log10(P值) data['logp'] = -1 * np.log10(data['pvalue']) # 创建绘图窗口 fig, ax = plt.subplots(figsize=(10, 6)) # 绘制曼哈顿图 ax.scatter(data['chr'], data['logp'], c=data['logp'], cmap='coolwarm') ax.axhline(-np.log10(0.05/data.shape[0]), color='gray', linestyle='--') ax.set_xlabel('Chromosome') ax.set_ylabel('-log10(P-value)') plt.show() ``` 绘制QQ图： ```python import scipy.stats as stats # 计算标准化残差 data['std_resid'] = stats.zscore(stats.norm.ppf(1 - data['pvalue']/2)) # 创建绘图窗口 fig, ax = plt.subplots(figsize=(6, 6)) # 绘制QQ图 ax.scatter(stats.norm.ppf((np.arange(data.shape[0])+1)/(data.shape[0]+1)), data['std_resid'], color='blue', alpha=0.5) ax.plot([-4, 4], [-4, 4], color='gray', linestyle='--') ax.set_xlabel('Theoretical Quantiles') ax.set_ylabel('Standardized Residuals') plt.show() ``` 其中，`gwas_results.csv`是GWAS结果文件，包含变量`chr`（染色体）、`pvalue`（P值）等。
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