R语言-ggplot绘制热图

使用ggplot2包绘制热图

#melt作用

data = read.csv(file=file.choose(),header=T,sep=",")

head(data)

 data1 = melt(data,id.vars="mpg")

​​​​​​​​​​​​​​

理解：将指定的id.vars作为x轴，其他数据作为y轴，至于value，则是对y轴的补充说明，做到一一对应，从而进行ggplot热图绘制

#加载R包
library(ggplot2)
library(reshape2)
#读取文件
data<-read.csv(file=file.choose(),header=T,sep=",")
#转换数据格式
data1 <- melt(data,id.vars = "OTU.ID")
#
heatmap <- ggplot(data1,aes(variable,OTU.ID)) #设置x、y轴
+geom_tile(aes(fill=value),color="white") #按照“value”数值填充颜色
+scale_fill_gradient(low = "white",high = "deepskyblue") #gradient，创建渐变色，最低为白色，最高为深蓝色
+theme_grey(base_size = 10) #
+labs(x=NULL,y=NULL,title = "细菌_heatmap") #设置标题，删除x、y轴标题
+scale_x_discrete(expand = c(0,0))
+scale_y_discrete(expand = c(0,0))
+theme(legend.position = "none",axis.ticks = element_blank(),axis.text.x = element_text(size=8,angle = 30,hjust = 1),axis.text = element_text(color = 'black'),panel.background = element_blank()) #删除图例，删除坐标轴刻度线，修改x轴坐标轴文本，修改坐标轴文本字体颜色，背景