如何查找CpG Islands, CpG shores等 --转载

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http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1033567.html

 

在homo species物种，随着研究的深入，注释信息不断丰富

针对CpG Islands，目前也有了较为清楚的界定，它的查找过程：

1）https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?command=start

打开后如下图

2）在“group”点击下拉框，如下图，选择“Regulation”

3）在“track”点击下拉框，出现下图，选择“CpG Islands”,随后去下载

 

再CpG Islands下载好之后，对于CpG Shores的定义参考如下:

1) https://www.biostars.org/p/136641/

2) http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

CpG shores定义为CpG Islands的上下游2K区域，如此可根据CpG Islands推测CpG shores区域。

 

区域信息肯定存在一些overlap的情况，可以用bedtools处理。

其他类似Promoter、Gene_Body区域也可以利用UCSC进行查找。

 

参考资料：https://www.biostars.org/p/136641/