本文介绍了高通量测序中的单端测序和双端测序（paired-end/mate-paired）原理及应用。双端测序提供插入长度信息，有助于解决基因组重复序列难题，广泛应用于基因组、转录组和宏基因组研究。其中，mate-pair测序通过环化DNA获取长片段两端序列，适用于长插入片段的测定，而paired-end则直接在DNA两端添加接头进行短插入片段的测序。
高通量测序的方式主要有：单端测序、paired-end/mate-paired(PE/MP)测序 。当要进行多 个样品同时测序时可以给不同的样品添加不同接头，混合后一起测序。
其中单端测序就是将 基因组随机打断后，对每个片段的进行测序。该方式建库简单，操作步骤少，常用于小基因 组、转录组、宏基因组测序。
PE/MP 测序也叫双向测序，是对一个长的序列测得其两端的序 列。两端的序列形成"一对"，中间的距离叫插入长度（insert length, ins_length）。paired-end 和 mate-paired 的区别在于建库的方式不一样。例如在 Solexa 中，基因片段采用桥式扩增法，而未经过环化，得到的测序结果叫 paired-end。而在 454 测序中，被测序的序列先被环化然后 打断测序，得到的结果叫 mate-paired 。不管采用
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