单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)

单端测序（Single-read）

一.流程
（1）将DNA样品片段化处理形成200-500bp片段
（2）引物序列连接到DNA片段一端，然后末端加上接头。
（3）将片段固定在flowcell上生成DNA蔟，上机测序单端读取序列。

双端测序(Paired-end和Mate-pair)

二.与Paired-end的区别
Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点，在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模板链，用对读测序模块(Paired-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量，进行第二轮互补链的合成测序(图2)。

三.Mate-pair文库构建方法
（1）将基因组DNA随机打断到特定大小（2-10kb）

（2）末端修复、生物素标记、环化
（3）将环化后的DNA分子打断成400-600bp的片段
（4）通过带有链亲和霉素的磁珠把带有生物素标记的片段捕获
（5）捕获片段经过末端修饰和加上特定接头后建成mate-pair文库，然后在上机测序。

Mate-pair文库制备旨在生成一些短的DNA片段，这些片段包含基因组中较大跨度(2-10 kb)
片段两端的序列。