Cytoscape在基础功能和参数介绍

最新推荐文章于 2024-06-20 16:06:41 发布
最新推荐文章于 2024-06-20 16:06:41 发布
阅读量2.5k 收藏 7
点赞数 1
分类专栏： cytoscape
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/XIUXIU179/article/details/80443267
版权

一. Cytoscape的安装 

       首先要安装Java程序，才能够在Linux, Windows, and Mac OS X系统上运行。虽然没有职位上的支持关系，其它的UNIX平台例如Solaris or FreeBSD需要高于Java 5以上的版本。

二.界面的简单介绍

这些功能在工具栏上都有形象的展示~

三、一般流程

1 、打开 Cytoscape（version3.51） 。您应该会看到一个窗口，看起来像这样：

最低0.47元/天 解锁文章
XIUXIU179
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 7
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
cytoscape要求的JAVA版本_微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（一）
weixin_31704137的博客
02-24 3977
原标题：微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图(一)Cytoscape是一个专用于互作网络数据可视化的软件。在微生物研究领域，通过对不同样本间的物种丰度信息进行相关性分析，可以获得物种在环境样本中的共存在关系，得到物种在同一环境下的相互作用的情况，进一步解释样本间表型差异的形成机制。实例来一波~ ⏩在一些影响因子较高的文章中，经常可以见到Cytoscape绘制的高颜值网络图。 1、如我们去年...
cytoscape安装java_Cytoscape史上最全攻略
weixin_39798943的博客
02-13 5512
今天还是讲Cytoscape，虽然已经写了很多相关的文章，但是依然有童鞋在问哪里可以下载Cytoscape这样没有营养的问题，这让本宫无比无比的痛心！！！所以今天本宫会很详细、非常详细、巨详细、史无前例地详细、前无古人，后无来者地详细讲解如何使用Cytoscape。Cytoscape是用于可视化网络数据的一个非常强大的工具，比如说表现一组基因间的相互关系，文本形式和网络图形式，在数据的表现力上孰优...
cytoscape安装java_Cytoscape软件学习（1）：简介及安装
weixin_39647471的博客
02-15 1207
Figure 1 Cytoscape软件制作的蛋白质互作网络图(官网展示图片)Cytoscape是一个开源的软件平台，用于图形化显示蛋白质互作网络数据并进行分析和编辑(Figure 1)。它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。它还能够为网络添加丰富的注释信息，并且可以利用自身以及第三方开发...
Cytoscape之操作界面介绍
最新发布
悟道西方
06-20 883
Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。软件的核心部分提供了网络显示、布局、查询等方面的基本功能。软件的核心可以通过插件架构进行扩展，这样就能快速地开发出新的功能。Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起。虽然Cytoscape也能适用于其他分子构件和相互作用，但其最强大的功能还是用于大规模蛋白质輭蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。各种物种（包括人类）的这方面的实验数据都在迅速增加。
Cytoscape
dongliang1991的专栏
09-19 2003
[参考] http://bioinformatics.dxy.cn/bbs/topic/19532835?tpg=13&age=0   想对网络节点涂上不同的颜色，老师说手动涂，70多个节点, 情何以堪？我觉得软件的设计者，肯定考虑到这样的情况，一定有办法的，于是就去查找资料，做试验，终于成功了，其实很简单。 Cytoscape里面，利用File --> Import -->Networ
cytoscape安装java_安装cytoscape时的折腾
weixin_39650091的博客
02-15 2303
问题：安装cytoscape时，提示：error信息：No suitable Java Virtual Machine could be found on your system.The version of the JVM must be at least 1.8.0_152 and at most 9.Please define INSTALL4J_JAVA_HOME to point to ...
Cytoscape3.7.1安装包
09-09
它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。Cytoscape源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起，其最强大的功能还是用于大...
Cytoscape 3.7.2 windows系统
11-07
Cytoscape is an open source software platform for visualizing molecular interaction networks and biological pathways and integrating these networks with annotations, gene expression profiles and other...
Cytoscape使用方法(正式版本)_Cytoscape_
09-29
尽管Cytoscape不断更新，但2.6版本的操作逻辑和基础功能依然适用于当前版本，因此熟悉其使用方法对于提升工作效率至关重要。通过深入阅读并实践手册中的教程，可以逐步熟练掌握Cytoscape的各个方面，从而在研究中...
cytoscape.js
05-29
通过查看和学习这些案例，你可以更好地理解如何在实际项目中运用Cytoscape.js 的功能。 总之，Cytoscape.js 是一个强大且灵活的工具，对于需要在网络图上展示复杂数据的Web开发人员来说，是一个不可或缺的资源。其...
cytoscape-automation:脚本集，包括程序化io和Cytoscape的控制
05-11
Cytoscape Automation有两种外观-命令界面和功能界面。 两者都可以达到相似的结果，但是专注于不同的使用方式。 命令可重现用户发起的交互（例如，打开会话，导入数据，导出图像），而Functions接口使程序员能够将...
cytoscape.js-compound-drag-and：用于添加和删除子项的复合节点拖放UI
02-14
cytoscape化合物拖放 描述 用于添加和删除子项的复合节点拖放UI（ ） 依存关系 Cytoscape.js ^ 3.4.0 使用说明 下载库： 通过npm： npm install cytoscape-compound-drag-and-drop ， 通过凉亭： bower install cytoscape-compound-drag-and-drop ，或 通过直接在资源库中下载（可能是通过标签）。 导入适合您项目的库： ES导入： import cytoscape from 'cytoscape' ; import compoundDragAndDrop from 'cytoscape-compound-drag-and-drop' ; cytoscape . use ( compoundDragAndDrop ) ; CommonJS要求： let cyto
cytoscape安装java_搭建java环境——安装GSEA和Cytoscape
weixin_34282589的博客
02-13 1673
GSEA和Cytoscape的安装都需要java环境，所以首先要搭建好java环境。在搭建java环境之前新建一个虚拟环境，将java环境与外部环境隔绝起来。我使用的是conda建立的虚拟环境：conda create -n ja_va我的系统是ubuntu,ubuntu终端命令行安装：1. sudo dpkg -l | grep openjdk 可以看到好几个可供安装的java(如图一).图...
运行Cytoscape3.10.0闪退，JVM报错问题解决
maimangm的博客
05-12 298
故怀疑是硬件问题，可以正常启动的电脑内存为16G，之前那台内存8G，怀疑是内存过小导致垃圾回收过于频繁->崩溃。解决方法：回退到以前需要配置Jdk8的软件版本（越早，用大内存的机子的人没那么多，可能对小内存的机子更友好）3. 控制变量用同样的安装包和jdk，换了台电脑尝试可以正常运行。可能是新版本Cytoscape没有用8G内存的电脑进行测试？今天来来回回折腾好几遍，没搜到相关的帖子，希望后人少走弯路。2. 检查是否文件安装包问题。
cytoscape.js导出图片png或jpg
娃儿回家
09-30 1万+
cytoscape.js实现导出图片pngcytoscape.js导出样例展示cytoscape.js `Export `方法 [详情](https://js.cytoscape.org/#core/export)`cy.png()` 导出png构造方法参数详解注意事项`cy.jpg()` 导出jpg(jpeg)别名构造方法参数详解注意事项导出全局png图片导出全局带有水印的png图片导出部分png图片(参数控制是否包含水印) cytoscape.js Cytoscape.js是一个用JS编写的开源图库.
全网最简单的网络图画法，小白福音包学包会
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
06-24 4904
全网最简单的网络图画法，小白福音包学包会徐锐（助理研究员），广东省生态环境技术研究所，土壤微生物与宏基因组方向版本1.0.1，更新日期：2020年6月23日本项目永久地址：https:/...
使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性
热门推荐
庐州月光的博客
11-07 1万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在之前的文章中，介绍过igraph工具，可以通过编程处理网络数据，该工具使用与大规模，大批量数据的处理。如果只是偶尔需要分析下网络数据，采用cytoscape这种图形界面工具更加的简单便捷。 cytoscape相信很多人都用过，通常都是用来进行网络的可视化，对于分析网络的基本拓扑属性，比如计算clustering coefficient值等，在cytoscap...
cytoscape插件下载_一网打尽：cytoscape详细教程
weixin_34701481的博客
12-03 8756
目录简介1、cytoscape简介2、cytoscape使用举例3、图形美化4、子网提取5、String-蛋白质相互作用数据库建议阅读时间：20分钟。一、Cytoscape——简介Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他...
Cytoscape.js学习记录
qiao_qiao_happy的博客
09-16 1082
记录学习Cytoscape.js的过程 另有一篇别人的博文分享：cytoscape.js基础篇https://blog.csdn.net/dahaiaixiaohai/article/details/89669526 About 关于 Cytoscape.js is an open-source graph theory (a.k.a. network) library written in JS. You can use Cytoscape.js for graph analysis and visua
cytoscape bingo
09-04
Cytoscape是一种常用的生物网络分析工具，被广泛应用于生物学研究领域。"Cytoscape bingo"可能指的是...通过这种游戏，参与者可以在实践中学习如何使用Cytoscape进行生物网络分析，并拓展他们对网络结构和功能的认识。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值