Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名;是利用三代测序长读长的特点,不打断转录本,直接测序,从而得到全长转录本的一种测序技术。
对于iso-seq 的分析而言,必须掌握以下几个基本概念:
1)ROI
了解过三代测序数据分析的人,对于CCS 环形一致性序列的概念肯定不会陌生,在iso-seq中,提出了比CCS 更加灵活的一个概念:ROI
ROI , 全称 reads of insert,可以理解为插入片段,首先看下三代测序文库构建阶段的reads示意图:
对于上述的文库片段,测序产生的reads 示意图如下:
由于是一个环状分子, 随着测序反应的进行,会循环测序;如果把插入片段的正负链都测了一次,就做1个full pass;
对于CCS 而言,要求至少有2个full pass , 才能去生成CCS reads; 三代测序的特点就是读长很长,可以达到十几kb, 对于短的插入片段而言,CCS这样定义当然没有问题,但是对于全长转录本
而言,转录本长度很长,