- Sequel II 平台介绍
- 零模波导孔(ZMW):是Sequel II平台的最小测序单元,每个SMRT cell包含800万个零模波导孔。测序时,落入孔中的序列会被反复读取,每读取1次得到1条subread,即一个ZMW中的所有subreads来源于同一条转录本
- subread(子序列): 是ploymerase read去掉接头(adapter)后的序列。每个ploymerase read可以分割成一个或多个子序列(subread),图中共有3条subreads,其中full passes的subreads数有2条
- 图示
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- CCS read(circular consensus sequencing,环形一致性序列): 通过对同一个ZMW中的subreads使用CCS算法分析得到。(产生的CCS read不需要与参考序列比对)
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- 交付数据文件
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- 下机结果
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- Iso-Seq分析流程
- 定义:Iso-Seq , 全称叫做 Isoform-sequencing,是利用三代测序长读长的特点,不需要打断转录本,直接测序,从而得到全长转录本的一种测序技术。
- 分析目的:从PacBio原始数据得到高质量转录本序列。
- 分析步骤:
- 1)Generate CCS(ccs)
- 2)Classify full-length reads(lima)
- 3)isoseq3 refine
- 4)isoseq3 cluster
- 分析工具:
- SMRT Link v8.0
- step1:Generate CCS
- 分析命令:ccs --min-passes 3 --min-length 50 --max-length 15000 --min-rq 0.99subreads.bam ccs.bam
参考网址:https://github.com/PacificBiosciences/IsoSeq_SA3nUP/wiki/Tutorial:-Installing-andRunning-Iso-Seq-3-using-Conda
- 分析命令:ccs --min-passes 3 --min-length 50 --max-length 15000 --min-rq 0.99subreads.bam ccs.bam
- step2:Classify full-length reads
- 分析命令:lima --isoseq --dump-clips --peek-guess -j 8 ccs.bam primers.fasta fl.bam
- step3:isoseq3 refine
- 分析命令:isoseq3 refine --require-polya --min-polya-length 20 -j 4 fl.primer_5p--primer_3p.bamprimers.fasta flnc.bam
- step4:isoseq3 cluster
- 分析命令:isoseq3 cluster flnc.bam polished.bam -j 8 --verbose --use-qvs
2020.10.14丨ISO-Seq分析
最新推荐文章于 2024-04-07 20:37:48 发布