r语言degseq2_R语言DESeq 包介绍 -

R语言DESeq包介绍

分析RNA序列数据的一个主要任务是探测基因的差异表达，DESeq包提供了测试差异表达的方法，应用负二项分布和收缩的分布方程估计。

1. 包的安装

输入如下命令，DESeq和相关的包就可以自动下载和安装。 > source(\> biocLite(\

相关的包会自动下载安装，安装的包如下：

中间会有个选择需要更新相关的包，选择更新全部，更新的包有：

另外还要安装一个数据包，供下面介绍包中的方法时使用，包名为pasilla.

2. 输入数据和准备

2.1 计数表

数据表的第i行第j列元素表示第j个样本的第i个基因有多少个reads。本文使用的数据来

自于pasilla数据包，函数system.file告诉我们数据文件保存的路径。 > datafile = system.file( \> datafile

[1] \在R中读取这个文件，使用read.table函数。

> pasillaCountTable = read.table( datafile, header=TRUE, row.names=1 ) > head( pasillaCountTable )

2.2 元数据

没有元数据的数据是没有用的，元数据可以分为三组，分别是样本(行)，特征(列)和整个实验的信息。

首先需要样本的描述信息，data.frame的列表示各种信息，行表示7个样本。 > pasillaDesign = data.frame(

+ row.names = colnames( pasill