R语言seqm_R语言DESeq找差异基因

一：安装并加装该R包

安装就用source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ;biocLite("DESeq")即可，如果安装失败，就需要自己下载源码包，然后安装R模块。

二．所需要数据

它的说明书指定了我们一个数据

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ;biocLite("pasilla")

安装了pasilla这个包之后，在这个包的安装目录就可以找到一个表格文件，就是我们的DESeq需要的文件。

C:\Program Files\R\R-3.2.0\library\pasilla\extdata\pasilla_gene_counts.tsv

说明书原话是这样的

The table cell in the i-th row and the j-th column of the table tells how many reads have been mapped to gene i in sample j.

一般我们需要用htseq-count这个程序对我们的每个样本的sam文件做处理计数，并合并这样的数据

下面这个是示例数据，第一列是基因ID号，后面的每一列都是一个样本。

de = newCountDataSet( pasillaCountTable, condition )  #根据我们的样本因子把基因计数表格读入成一个cds对象，这个newCountDataSet函数就是为了构建对象！

对我们构建好的de对象就可以直接开始找差异啦！非常简单