如何查看生物信息学中的 FASTQ 文件？

FASTQ文件是存储DNA测序数据的常用格式，它们可以使用各种文本编辑器、生物信息学工具和编程语言进行查看和操作。下面是一些查看FASTQ文件的方法：

文本编辑器: 您可以使用任何文本编辑器来查看FASTQ文件，例如notepad++ (Windows)， TextEdit (Mac)或nano, vim和emacs (Linux)。请记住，对于某些文本编辑器来说，大型FASTQ文件可能很难处理。

命令行工具: 为了只查看FASTQ文件的几行或部分，您可以在Linux和macOS上 用'head'、'tail'、'grep'、'less'和'awk'等命令行工具。

例子:

显示FASTQ文件的前10行:head -n 10 your_file.fastq

显示FASTQ文件的最后10行:tail -n 10 your_file.fastq

以交互方式浏览FASTQ文件:less your_file.fastq

生物信息学工具:

一些生物信息学工具已经专门设计用于处理和可视化序列数据。一些流行的工具包括FastQC、Galaxy和IGV。

FastQC (FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data)是一个广泛使用的质量控制工具，可以为FASTQ文件生成各种汇总统计和可视化。

Galaxy (https://usegalaxy.org/)是一个可访问、可复制和透明的计算生物学的开源平台。它允许您通过用户友好的web界面导入、可视化和分析FASTQ文件。

整合基因组学查看器(IGV) (Home | Integrative Genomics Viewer)是一个高性能的可视化工具，用于大型集成基因组数据集的交互式探索。它支持各种文件格式，包括FASTQ。

链接：https://www.zhihu.com/question/598198419/answer/3005197344
来源：知乎