Cox回归是一种半参数模型,它基于一个称为Cox比例风险假设的假设,该假设认为不同个体之间的风险比例保持不变。换句话说,Cox回归假设风险因素对事件发生的影响是乘法关系,而不是加法关系。
在Python中,可以使用lifelines库来进行Cox回归分析。lifelines是一个用于生存分析的Python库,提供了许多统计方法和工具,包括Cox回归。
首先,你需要安装lifelines库。可以使用以下命令在Python中安装它:
pip install lifelines
以随机森林为例,使用随机森林进行Cox回归可以通过以下步骤完成:
导入所需的库:
import numpy as np
import pandas as pd
from lifelines import CoxPHFitter
fromsklearn.ensembleimportRandomForestRegressor
fromsklearn.model_selectionimporttrain_test_split
准备数据集。将需要用于Cox回归的特征和目标变量整理为一个数据集。
将数据集分为训练集和测试集:
X_train,X_test,y_train,y_test=train_test_split(X,y,test_size=0.2, random_state=42)
这里将数据集分为80%的训练集和20%的测试集。
使用随机森林进行特征选择。可以使用随机森林回归模型来计算特征的重要性得分,并选择具有较高重要性的特征:
rf = RandomForestRegressor()
rf.fit(X_train, y_train)
feature_importances = rf.feature_importances_
这里使用随机森林回归模型拟合训练集,并获取特征的重要性得分。
根据特征重要性选择相关特征。可以根据设定的阈值选择重要性得分高于阈值的特征:
selected_features=X.columns[feature_importances > threshold]
X_train_selected = X_train[selected_features]
X_test_selected = X_test[selected_features]
这里选择重要性得分高于阈值的特征,并提取相应的训练集和测试集。
使用Cox回归模型进行拟合和预测:
cph = CoxPHFitter()
cph.fit(X_train_selected, y_train)
survival_predictions=cph.predict_survival_function(X_test_selected)
这里使用CoxPHFitter类来拟合Cox回归模型,并使用训练集进行拟合。然后,使用拟合的模型对测试集进行预测,得到生存概率的预测值。
请注意,上述代码中的变量和数据集名称可能需要根据实际情况进行调整。另外关于lifeline进行生存分析的更多细节可以参考 文档(https://lifelines.readthedocs.io/en/latest/Quickstart.html)