把基因组蛋白库中的序列规整

NCBI中下载的基因组蛋白序列,注释信息和序列混在一块。写了以下脚本进行清洗一下

library(seqinr)
all_pep <- read.fasta("GCA_014462685.1_ASM1446268v1_cds_from_genomic.faa")#读入基因组的蛋白序列

for (i in 1:length(all_pep)) {
    write.fasta(all_pep[[i]],attr(all_pep[[i]],"name"),"Rhynchophorus ferrugineus_cds.fas",open = "a")
}#重新读入文件

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