怎么让热图显示基因名_OmicShare Tools - 基迪奥生物信息绘图云平台

Q1.上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？

OmicShare要求上传的数据必须是“制表符分隔的文本文件”，文件名可由由英文和数字构成，文件拓展名必须是“.txt”，例如 mydata01.txt，gene02.txt 。如果是excel表格，可以另存为 “文本文件(制表符分隔)”，如下。

Q2.提交的任务完成后却不出图该怎么办？

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：

(1)数据中含中文字符，把中文改成英文；

(2) 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；

(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。

排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

Q3、下载的结果文件用什么软件打开？

OmicShare云平台的结果文件(例如，下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型：图片文件和文本文件。

图片文件：

为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。

文本文件：

文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。

Q4.提交的任务一直在排队怎么办？

提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。

Q5.结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。

Q6.画的热图出现大片同一种颜色的色块怎么办？

主要原因是没有对数据进行归一化(标准化)，可以对数据进行按行归一化，方法是工具页面的归一化参数选择“row”即可。

更详细的作图教程可参考：

Q7.基因的名称重叠在一起怎么办？

主要原因是上传的数据中基因数量太多所致，可尝试减少基因的数量。如果不愿删减基因，可尝试将热图的“格子”的高度值设置大一些，或者将结果是否显示行名设为“no”，这些基因名称就不再显示。

Q8.如何获取按热图重新排序后的表达量数据？

使用热图工具绘制热图是提供按照聚类重新排序的结果的，如下图。