常见蛋白质种类_[转载]常用蛋白质数据库

1.PDB数据库

蛋白质的基本立体结构数据库为PDB (Protein

Data

Bank)，1971年建立于美国布鲁海克海文国家实验室。该数据库中收集了通过X射线衍射和核磁共振(NMR)试验测定的蛋白质结构的精确坐标数据。这种数据即蛋白质中的原子坐标是蛋白质结构的最细致的层次。该数据库的管理者是结构生物信息学合作研究组织(Research

Collaboration for Structural Bioinformatics， RCSB， http://www.rcsb.org/pdb/ )。

PC机和工作站上有大量软件工具用于查看PDB

数据库中的结构。其中较好的空间结构能够动态，立体地显现出来。其下载网址为：http://www.umass.edu/microbio/rasmol/。

PDBFinder

数据库是在PDB，DSSP，HSSP 基础上建立的二级库，它包含PDB 序列，作者，R因子，分辨率，二级结构等。这些信息不易从PDB

中直接读取，随着PDB 库每次发布新版，PDBFinder 在EBI 自动生成。网址为: http://www.cmbi.kun.nl/swift/pdbfinder/

2.NRL-3D数据库

该数据库NRL-3D也是所有已知结构蛋白质的数据库。可用于对查询蛋白质序列进行相似性分析以确定其结构。其网址为: http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/nrl3d.html

3.ISSD数据库

ISSD数据库是蛋白质数据库，其每个条目包含一个基因的编码序列，同相应的氨基酸序列对比，并给出相应多肽链的结构数据。核苷酸序列取自GenBank，结构参数来自PDB，包括多肽骨架原子坐标，二面角，还有DSSP程序所预测的二级结构。网址为：http://www.protein.bio.msu.su/issd/.

4.HSSP数据库

HSSP

是根据同源性导出的蛋白质二级结构数据库。每一条PDB 项目都有一个对应的HSSP 文件。因此，应先按蛋白质的PDB

编号，例如1bda在HSSP

的INDEX中查找1dba.hssp.Z。该数据库同时提供了SWISS-PROT数据库中所有蛋白质序列的同源性。其网址为：http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/。

5.蛋白质结构分类数据库(SCOP)

蛋白质结构分类数据库(structural classification of proteins

，SCOP)是对已知的蛋白质三维结构进行手动分类得到的数据库。将已知结构蛋白质进行有层次地分类(这一方法十分有效)。该资源允许用户分析查询蛋白质是否和已知结构蛋白质具有相似性。其网址为:

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

6.MMDB蛋白质分子模型数据库

分子模型数据库(Molecular Modeling Database ，MMDB)由NCBI 的MMDB

研究小组维护。这是Entrez 检索工具所使用的三维结构数据库，以ASN,1 格式反映 PDB 库中的结构和序列数据。NCBI

同时提供一个配套的三维结构显示程序Cn3D。网址为：http://www.ncbi.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml

。

7.Dail/FSSP数据库

Dail/FSSP

数据库是基于PDB 数据库中现有的蛋白质三维结构，用自动结构对比程序Dail逐一比较而形成的折叠单元和家族分类库。随PDB

库的更新而更新。其网址为: http://www.ebi.ac.uk/dali/

8.其他相关链接

生物大分子数据库(NHGRI/NCBI Histone Sequence Database)

2D与3D结构 预测数据库(SWISS-3DIMAGE-展示蛋白质和其他生物大分子的3D结构图形)