weixin_39556044的博客

ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）本文首发于“生信补给站”：https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g如果有maf格式的文件，可以直接oncoplot包绘制瀑布图，有多种展示和统计maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）和maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化，如果只有多个样本的基因突变与否的excel，不用担心，也可以用complexheatmap包绘

本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易，但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”，我替你们趟了。。。一 载入R包 数据数据为内置CEUData保存后，进行了“细微”的处理（去掉SNP碱基之间的“/”），这种基因型文件很常见；library("LDheatmap")#.

本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/_rTWJHcbUu2Eqtex74gUBA散点图绘制回归曲线很常用，那么添加上回归方程，P值，R2或者方差结果表等可以展示更量化的信息。那加起来复杂吗？还真不一定！一 载入数据和R包使用内置数据集library(ggplot2) #加载ggplot2包library(dplyr) #加载dplyr包...

本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/VNLIFzc9OysepGrE3lJrkw更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。上次通过deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature ！学会了如何利用deconstructSigs-R包进行mutation signature...

deconstructSigs-mutation signature看一下你的数据是什么“气质”的？本文首发于“生信补给站” https://mp.weixin.qq.com/s/k7yzk9hPX3Bi-ohAo83ZYw还有其他 R统计 绘图 生信的干货，也许有需要的呢？Mutational Signatures 首次出现在2013年的nature文章Signatures of m...

本文首发于“生信补给站”，ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。Manhattan图算是GWAS分析的标配图了，可参考Bio|manhattan图 进行绘制。由于Manhattan点太多，后期AI/PS修改的话难度有点大，如果可以“个性化”绘制的话那是极好的！一 载入R包，数据1）载入数据处理的...

本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/kKQ2670FBiDqVCMuLBL9NQ更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。介绍一个主要用于绘制动画的ggplot2的扩展包—gganimate包。Hans Rosling的关于“New Insights on Poverty”的TED演讲绝对是对我影响最大的几个TED...

首发于“生信补给站” https://mp.weixin.qq.com/s/fm69bw-3cww1YEW_kBcTHQ更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，关注有惊喜????。拥有财富、名声、权力，这世界上的一切的男人 “海贼王”哥尔·D·罗杰，在被行刑受死之前说了一句话，让全世界的人都涌向了大海。“想要我的宝藏吗？如果想要的话，那就到海上去找吧，我全部都放在那里。”，世界开始...

本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/zdSit97SOEpbnR18ARzixw更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。ggstatsplot是ggplot2包的扩展包，可以同时输出美观的图片和统计分析结果，对于经常做统计分析或者生信人来说非常有用。一 准备数据gapminder 数据集包含1952到2007年...

本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/CGz51qOjFSJ4Wx_qOMzjiw更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。甘特图（Gantt chart），又常被称为横道图或者条状图，是现代企业项目管理领域运用最为广泛的一种图示。就是通过条形来显示项目的进度、时间安排等相关情况的。项目管理外，也可以用来管理学习...

本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化，本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值（置信区间区间）的结果直接绘制森...

本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见，其实COX生存分析也能用森林图展示。​ 之前分享过绘制KM曲线R|生存分析（1），诺莫图展示COX结果Nomogram（诺莫...

本文首发于微信公众号 “ 生信补给站 ” ，期待您的关注！！！https://mp.weixin.qq.com/s/UMuZ1MiuKDheHk9mwA9EXA“一张统计图形就是从数据到几何对象(geometric object, 缩写为geom, 包括点、线、条形等)的图形属性(aesthetic attributes, 缩写为aes, 包括颜色、形状、大小等)的一个映射。此外, 图形中还...