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ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图(oncoplot)
ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图(oncoplot)本文首发于“生信补给站”:https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g如果有maf格式的文件,可以直接oncoplot包绘制瀑布图,有多种展示和统计maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图)和maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化,如果只有多个样本的基因突变与否的excel,不用担心,也可以用complexheatmap包绘原创 2020-06-17 18:52:04 · 4044 阅读 · 0 评论 -
barplot3d|圣诞节送你一个mutation signature搭建的“乐高”
本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/VNLIFzc9OysepGrE3lJrkw更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号。上次通过deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature !学会了如何利用deconstructSigs-R包进行mutation signature...原创 2019-12-26 15:41:23 · 604 阅读 · 0 评论 -
deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature !
deconstructSigs-mutation signature看一下你的数据是什么“气质”的?本文首发于“生信补给站” https://mp.weixin.qq.com/s/k7yzk9hPX3Bi-ohAo83ZYw还有其他 R统计 绘图 生信的干货,也许有需要的呢?Mutational Signatures 首次出现在2013年的nature文章Signatures of m...原创 2019-12-20 12:44:30 · 1789 阅读 · 1 评论 -
R-forestplot包| HR结果绘制森林图
本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号,给您干货。上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化,本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值(置信区间区间)的结果直接绘制森...原创 2019-10-14 22:47:58 · 11509 阅读 · 1 评论 -
maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图)
本文首发于微信公众号 “ 生信补给站 ” ,期待您的关注!!!原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/G-0PtaoO6bYuhx_D_Rlrlw对于组学数据的分析和展示来说,maftools算是一个宝藏“R包”,可用于MAF格式的组学数据的汇总,分析和可视化展示。 随着癌症基因组学的进步, 突变注释格式 (MAF) 被广泛用于存储检测到的somatic va...原创 2019-09-03 10:38:24 · 4173 阅读 · 0 评论 -
maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化
本文首发于公众号“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg之前介绍了使用maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图) R-maftools包绘制组学突变结果(MAF)的oncoplot或者叫“瀑布图”,以及一些细节的更改和注释。本文继续介绍maftools对于MAF文件的其他应用,为更易理解和重现...原创 2019-09-16 23:22:10 · 11623 阅读 · 12 评论 -
Nomogram(诺莫图) | Logistic、Cox生存分析结果可视化
本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/BWpy3F-nEKXCdVXmY3GYZg当然还有更多R语言,生物信息学相关知识。。。????Nomogram,也常称为诺莫图或者列线图,在医学领域的期刊出现频率越来愈多,常用于评估肿瘤学和医学的预后情况,可将Logistic回归或Cox回归的结果进行可视化呈现。数据准备 使用TCGA-LIHC...原创 2019-09-25 09:34:15 · 12386 阅读 · 5 评论 -
Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化
本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号,给您干货。Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见,其实COX生存分析也能用森林图展示。 之前分享过绘制KM曲线R|生存分析(1),诺莫图展示COX结果Nomogram(诺莫...原创 2019-10-08 22:52:03 · 3355 阅读 · 0 评论