Nomogram(诺莫图) | Logistic、Cox生存分析结果可视化

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/BWpy3F-nEKXCdVXmY3GYZg

当然还有更多R语言,生物信息学相关知识。。。?

Nomogram,也常称为诺莫图或者列线图,在医学领域的期刊出现频率越来愈多,常用于评估肿瘤学和医学的预后情况,可将Logistic回归或Cox回归的结果进行可视化呈现。

数据准备

​ 使用TCGA-LIHC队列的临床数据,简单处理后进行示例分析:

## 载入R包
library(rms)
library(survival)

## 读取LIHC数据
LIHC <- read.csv("TCGA-LIHC-nomogram.csv",header=TRUE)
head(LIHC)

img

绘制nomogram图

1)打包数据

## 关键步骤:按照nomogram要求“打包”数据,可以输入??datadist查看详细说明
dd=datadist(LIHC)
options(datadist="dd") 
2)构建logist模型,绘制诺莫图

                
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