R-forestplot包| HR结果绘制森林图

本文介绍了如何使用R语言的forestplot包根据COX或logistic回归等结果绘制森林图。首先,讲解了准备数据的步骤,接着通过简单森林图和优化森林图的绘制过程,展示如何调整线条、箱线图样式、字体大小以及添加标题和坐标轴标识,以提升图形的可读性和美观度。
摘要由CSDN通过智能技术生成

本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w

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上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化,本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值(置信区间区间)的结果直接绘制森林图的方法。

其中点估计值(置信区间)的结果可以是COX也可以是logistic回归等其他方法的结果,适用范围更广。

一 准备数据

#载入R包
library(forestplot)
#数据来源:https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/
data <- read.csv("ForestPlotData.csv", stringsAsFactors=FALSE)
#查看数据
head(data)

img

二 绘制森林图

2.1 简单森林图

对数据进行部分修改,方便行名和列名字输出

## 构建tabletext,更改列名称,展示更多信息
np <- ifelse(!is.na(data$Count), paste(data$Count," (",data$Percent,")",sep=""), NA)
 
## The rest of the columns in the table.
tabletext <- cbind(c("Subgroup","\n",data$Variable),
                   c("No. of Patients (%)","\n",np),
                   c("4-Yr Cum. Event Rate\n PCI","\n",data$PCI.Group),
                   c("4-Yr Cum. Event Rate\n Medical Therapy","\n",data$Medical.Therapy.Group),
                   c("P Value","\n",data$P.Value))
##绘制森林图
forestplot(labeltext=tabletext, graph.pos=3,
          mean=c(NA,NA,data$Point.Estimate),
          lower=c(NA,NA,data$L
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