R-forestplot包| HR结果绘制森林图

最新推荐文章于 2024-09-13 18:10:41 发布

生信补给站

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分类专栏：生物信息学可视化肿瘤文章标签：森林图生物信息学 forestplot R语言 HR

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_39556044/article/details/102558469

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本文介绍了如何使用R语言的forestplot包根据COX或logistic回归等结果绘制森林图。首先，讲解了准备数据的步骤，接着通过简单森林图和优化森林图的绘制过程，展示如何调整线条、箱线图样式、字体大小以及添加标题和坐标轴标识，以提升图形的可读性和美观度。

摘要由CSDN通过智能技术生成

本文首发于“生信补给站”微信公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w

更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号，给您干货。

上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化，本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值（置信区间区间）的结果直接绘制森林图的方法。

其中点估计值（置信区间）的结果可以是COX也可以是logistic回归等其他方法的结果，适用范围更广。

一准备数据

#载入R包
library(forestplot)
#数据来源：https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/
data <- read.csv("ForestPlotData.csv", stringsAsFactors=FALSE)
#查看数据
head(data)

二绘制森林图

2.1 简单森林图

对数据进行部分修改，方便行名和列名字输出

## 构建tabletext，更改列名称，展示更多信息
np <- ifelse(!is.na(data$Count), paste(data$Count," (",data$Percent,")",sep=""), NA)
 
## The rest of the columns in the table.
tabletext <- cbind(c("Subgroup","\n",data$Variable),
                   c("No. of Patients (%)","\n",np),
                   c("4-Yr Cum. Event Rate\n PCI","\n",data$PCI.Group),
                   c("4-Yr Cum. Event Rate\n Medical Therapy","\n",data$Medical.Therapy.Group),
                   c("P Value","\n",data$P.Value))
##绘制森林图
forestplot(labeltext=tabletext, graph.pos=3,
          mean=c(NA,NA,data$Point.Estimate),
          lower=c(NA,NA,data$L