ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图(oncoplot)

本文介绍了如何利用ComplexHeatmap包根据Excel表格数据绘制突变景观图(oncoplot)。首先载入R包和数据,然后通过指定变异类型颜色、形状和大小来绘制初步的瀑布图。接着,添加临床注释信息,包括自定义颜色和顺序,并调整注释位置以适应论文发表需求。教程详细说明了每个步骤,为生信分析提供了一种实用的可视化方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图(oncoplot)

本文首发于“生信补给站”:https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g

如果有maf格式的文件,可以直接oncoplot包绘制瀑布图,有多种展示和统计maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图)maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化,如果只有多个样本的基因突变与否的excel,不用担心,也可以用complexheatmap包绘制。

这个包功能很强大,本次只简单的介绍如何绘制基因组景观图(瀑布图)。

一 载入R包,数据

#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
#  install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("ComplexHeatmap")
#install.packages("openxlsx")
#install.packages("circlize")

#后面直接加载即可
library(openxlsx)
library(ComplexHeatmap)
library(circlize)
#读入数据
mut <- read.xlsx("TCGA_data.xlsx",sheet = "突变信息")
cli <- read.xlsx("T
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