ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）

最新推荐文章于 2023-09-17 14:21:07 发布

生信补给站

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分类专栏：生物信息学肿瘤可视化文章标签：数据可视化可视化

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_39556044/article/details/106816254

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本文介绍了如何利用ComplexHeatmap包根据Excel表格数据绘制突变景观图（oncoplot）。首先载入R包和数据，然后通过指定变异类型颜色、形状和大小来绘制初步的瀑布图。接着，添加临床注释信息，包括自定义颜色和顺序，并调整注释位置以适应论文发表需求。教程详细说明了每个步骤，为生信分析提供了一种实用的可视化方法。

摘要由CSDN通过智能技术生成

ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）

本文首发于“生信补给站”：https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g

如果有maf格式的文件，可以直接oncoplot包绘制瀑布图，有多种展示和统计maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）和maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化，如果只有多个样本的基因突变与否的excel，不用担心，也可以用complexheatmap包绘制。

这个包功能很强大，本次只简单的介绍如何绘制基因组景观图（瀑布图）。

一载入R包，数据

#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
#  install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("ComplexHeatmap")
#install.packages("openxlsx")
#install.packages("circlize")

#后面直接加载即可
library(openxlsx)
library(ComplexHeatmap)
library(circlize)
#读入数据
mut <- read.xlsx("TCGA_data.xlsx",sheet = "突变信息")
cli <- read.xlsx("T