想必大家对聚类热图 Heatmap并不陌生,聚类热图是我们展示基因芯片或测序结果比较常用的方式,可以直观地反映样品间的相似程度。
根据基因在各个样本中的表达量绘制的聚类热图,用颜色深浅来代表基因表达量高低。
目前绘制热图的工具很多,像MATLAB 、MeV (Multiple ExperimentViewer)、GraphPad Prism、R 语言的 Heatmap等等。
今天介绍两种简单的工具 ——Excel和Heatmap Illustrator,助你绘制想要的热图。
图中每一列代表一个样本,每一行代表一个基因在不同样本中的表达程度
一、利用 Excel「条件格式」——「色阶」功能制作热图
1.首先在 Excel 中输入自己的原始数据,像下图。
2.选中所有数据,在顶端目录中选择「条件格式」中的「色阶」的「其他规则」。
3.基于样式选择「三色刻度」,之前的样本是数字,所以对应的类型栏中都改为「数字」,由于原始数据都在 0-10 之间,可以将「最小值」,「中间值」和「最大值」设置为 0,5,10。
颜色设置可以随意选,但是建议深浅适宜。
4.于是得到这样。
5.选中数据,鼠标右键选择「设置单元格格式」,