基于python的计算基因组_GenomeView: 基于Python的基因组数据展示工具

GenomeView是什么?

GenomeView通过Python直接展示基因组数据。主要的特点包括：

易扩展

可与Jupyter notebook整合

高质量图片生成

兼容不用类型的数据：BAM文件(SE和PE read)和图形数据文件例如基因组Coverage，wiggle文件等等

GenomeView的目的不是像IGV等基因组浏览器一样，产生可交互的数据展示。当然通过Jupyter notebook，用户也可以很简单的快速生成新的展示图。

如何安装?

GenomeView: Python 3.3 or greater.

下面的命令行可以帮助你安装GenomeView

pip install genomeview ## --user 如果没有root权限

或者直接从GitHub的源代码安装：

pip install -U git+https://github.com/nspies/genomeview.git ## --user 如果没有root权限

如果想展示bigWig 文件，pyBigWig 包也需要安装

pip install pyBigWig

快速入门

image

通过下面的代码可以产生上面的图：

import genomeview

dataset_paths = ["data/pacbio.chr1.bam",

"data/illumina.chr1.bam",

"/Users/nspies/Downloads/hg19.refseq.sorted.bed.gz"]

reference = "ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/phase2_reference_assembly_sequence/hs37d5.fa.gz"

chrom = "chr1"

start = 224368899

end = 224398899

doc = genomeview.visualize_data(dataset_paths, chrom, start, end, reference)

如果你使用Jupyter notebook, 直接在最后一行输入doc

doc

你也可以使用 genomeview.save() 来将图片存入一个文件中。

genomeview.save(doc, "/path/to/output.svg") # or .png/.pdf

Reference：