横坐标修改间隔大小_种群历史有效群体大小——PSMC分析介绍

|撰文：周老师

之前的简单介绍了有效群体大小的概念，分析某个种群的历史有效群体大小的方法很多，我们这里先介绍一种目前应用最广泛的一种方法——PSMC分析。

分析结果图形解读

PSMC全称是成对序列马可夫共祖分析(pairwise sequentially Markovian coalescent)，是二代测序算法界的大神李恒在2011年发表的一种的推测物种进化历史上有效群体大小的方法[1]，也是目前最受欢迎使用最广的一种方法。

该方法利用个体重测序的数据来推测该个体所属的种群在历史上各个时期的有效群体大小。

用1个个体重测序的数据，怎么能获得整个进化史的信息呢？

咋一看，我也觉得不可思议。该算法非常思路非常巧妙，之后的推送中我会解释。但即使不理解原理，也不影响你读懂PSMC的结果。不懂种苹果也不影响你享受苹果，对吧。

PSMC的分析结果，就是推测出的个体对应的种群各个历史时期的有效群体大小，最终绘图效果如下。这是李恒2011年那篇方法学文章里展示的结果[1]。

这张图里，横坐标对应的是时间。注意，是追溯时间，即多少年前，所以越靠右边越久远。且横坐标的单位不是线性的，越靠右边，时间的单位越大。

纵坐标对应预测出的有效群体大小。图中高高低低起伏的连续折线，对应的就是