PSMC结果图：横坐标 和 纵坐标 详解

PSMC（Pairwise Sequentially Markovian Coalescent）模型的结果图提供了一种视觉方式来理解种群大小随时间变化的历史。解读这种图表时，横坐标和纵坐标的含义是关键。

横坐标（X轴）- 时间

• 刻度：横坐标代表时间，通常以对数刻度表示。这意味着图表中的每个刻度间隔代表的时间跨度不是线性的，而是指数级增加的。这样的刻度有助于同时展示近期和远古的历史。
• 单位：时间的单位通常是“代”（generations），但有时会转换为“年”，这需要知道种群的代换速率（即一代所对应的年数）。转换为年的时候，可能需要乘以物种特定的代换速率。
• 方向：时间轴通常从右到左读。最右侧代表最古老的时间，而图表的最左侧代表现代（或接近采样时间）。

纵坐标（Y轴）- 有效种群大小（Ne）

• 刻度：纵坐标表示有效种群大小（Ne），即在特定时间点上能够成功繁衍后代的个体数量的估计。这个数值也通常以对数刻度表示，以便能够覆盖大范围的变化。
• 单位：有效种群大小的单位通常是无量纲的，但可以通过与物种特定的基因组大小相结合来估计实际的个体数量。

解读图表

• 趋势：图表中的线条显示了有效种群大小随时间的变化。线条上升表示种群规模的增加，下降则表示种群规模的减少。
• 波动：线条的波动或曲线的形状可以揭示关于种群历史的信息，如瓶颈事件（种群大小急剧减少）或扩张事件（种群大小增加）。
• 信心区间：有时PSMC的结果图还会包括围绕主曲线的阴影区域或其他表示法，这些代表了估计的不确定性或信心区间。

注意事项

• 时间深度和分辨率：PSMC模型对于特定时间段（如数千年到数百万年之间）的种群历史最为敏感。对于非常近的历史或极古老的历史，模型的分辨率和准确性可能会降低。
• 模型假设：解读PSMC图表时，应当记住PSMC模型的一些基本假设，如假设种群大小随时间平滑变化，以及忽略了迁移和选择等因素的影响。

通过对PSMC结果图的横纵坐标的正确解读，可以获得对物种历史种群动态的深入理解。