java发送zip文件到邮箱_Java环境配置cytoscape和GSEA等软件安装使用前置任务

为什么要进行Java环境配置

1、上一期，网络图是个啥---基础篇，小编为大家介绍了花式网络图，还记得小编说要分享如何做绘制好看的网络图吗？小编是个诚信之人，因此今天我们继续，在讲绘图前，先讲讲绘网络图的主咖cytoscape的前置任务，没有Java环境你下载的cytoscape就废了。

2、关注我们公众号的宝宝们，应该知道我们之前也分享过大家都很爱的基因集富集分析GSEA分析，超详细教程│GSEA基因集富集分析，同时近期我们也倾情推出续篇，GSEA分析高级篇。是的，聪明如你肯定也想到了，不止cytoscape这一款软件需要Java环境，我现在所说的GSEA软件运行也需要。

3、做完测序后想对感兴趣的突变位点、可变剪接、甲基化DMR、ATAC-seq的peak等，进行测序reads覆盖度的可视化，这里您需要IGV：基因组可视化工具第一弹：IGV，是的IGV也需要安装Java配置环境变量。

You Got It？小编就不再继续啰嗦了。我们进入正题。

下载Java SE development

创建账号：https://profile.oracle.com/myprofile/account/create-account.jspx。填写完基本信息后，oracle会向您的注册邮箱中发送电子邮件，其中附有确认电子邮件地址的按钮，登陆注册邮箱后点击链接确认即显示创建成功。

进入Java SE下载地址：https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk14-downloads.html。

截至2020年4月最新的版本是JDK 14.0.1。软件安装的userguide参见，https://docs.oracle.com/en/java/javase/14/install/overview-jdk-installation.html#GUID-8677A77F-231A-40F7-98B9-1FD0B48C346A。

选择适合自己的版本下载，如果不知道自己什么系统，可以通过“控制面板\系统和安全\系统”进行查看，比如我的的是windows x64，在弹出的框中勾选I reviewed and accept后，点击download jdk。

如果您开始没注册，此处勾选I reviewed and accept后，点击download jdk时，会要求您注册登陆。如果你点击downdoad后没反应，可以更换浏览器再次尝试。下载其中的一种即可。不需要2种都下载，下面我会讲一下.exe和.zip区别。

为了进行比较，我把2种格式的都下载了，一种是exe格式，一种是.zip格式。

安装Java SE development

如果您下载的是.exe格式的，双击exe-->下一步-->可以更改路径，也可以不改，注意路径必须是全英文-->下一步-->安装中。

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如果您下载的是.zip格式的，直接拷贝解压，一般还是选择C:\Program Files (x86)等路径(不能有中文文件夹)。

配置环境变量

进入  控制面板\系统和安全\系统  界面，点击  “高级系统设置”  ，在“高级”选项卡界面找到“环境变量”进行设置。

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新建变量名：JAVA_HOME，变量值为JDK安装路径：C:\Program Files (x86)\jdk-14.0.1；

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接下来对系统变量 “PATH”进行编辑，输入“%JAVA_HOME%\bin” ，其中%JAVA_HOME%就是引用前面指定的JAVA_HOME变量路径。

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新建变量：CLASSPATH，变量值：.;%JAVA_HOME%\lib;

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测试JDK

win徽标键+R 打开“运行”，输入cmd，分别依次输入javac、java、java -version、javadoc命令，出现如下所示页面即安装成功。若提示找不到java等则检查前面的操作。

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