返回的到的数据做整合_如何使用 Seurat 分析单细胞测序数据（ Q&A）-中

5. 关于降维分析

Q: ElbowPlot 的拐点是指这个点后面基本持平了么？ / 請問如何判斷 elbow 拐點呢?為何不是在 3~4，而是在 9~10/ PC 拐点如何界定？

A： ElbowPlot 作图后，用肉眼观察，当曲线进入平台期，没有明显继续下降的趋势就可以了。ElbowPlot 默认显示 20 个 PC，如果发现 20 个 PC 还没有到达平台期，可以修改 ElbowPlot 函数的 ndims 参数。 RunPCA 函数默认计算 50 个 PC，如果想看更多的 PC，可以修改 RunPCA 的npcs 参数。

Q：请问 PCA 那页，是细胞和基因都做过 PCA 么？

A: 在 Seurat 中，我们是对细胞做 PCA 分析，也就是对细胞做降维分析，比如从 2000 维（基因）降到 50 维（ PC）。一般情况下，我们不会对基因做 PCA 分析。

Q： PCA 中的 embedding 可以再解释下么？

A：比如，原本每个细胞有 2000 个基因，每个基因在各个细胞中都有表达量，做了 PCA 分析后，每个细胞有 50 个 PC，每个 PC 在各个细胞中都有 embedding 值。为了便于理解，你可以把 PC 看成是整合