单基因gsea_4分+纯生信自噬相关基因与预后关系

本文通过分析胶质母细胞瘤(GBM)的自噬相关基因,构建了一个包含DIRAS3、LGALS8、MAPK8和STAM四个基因的风险特征,作为独立预后因素。研究发现,此风险特征有助于预测GBM患者的生存率,且与细胞凋亡、坏死、免疫和炎症反应以及MAPK信号通路相关。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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大家好,这次给大家分享的文献是A risk signature with four autophagy-related genes for predicting survival of glioblastoma multiforme,2020年2月发表在J. Cell. Mol. Med.杂志上,影响因子4.658。文章研究的是自噬相关基因与胶质母细胞瘤预后的关系,下面让我们一起来看一下这篇文章!

摘要

背景:多形性胶质母细胞瘤(GBM)是一种未经有效治疗的毁灭性脑肿瘤。最近的研究表明,自噬是一种很有前途的治疗GBM的策略。因此,有必要鉴定与GBM自噬相关的新的生物标志物。

方法:在本研究中,从人类自噬数据库(HADb)和基因集富集分析(GSEA)网站下载了自噬相关基因。采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归和多变量Cox回归分析来确定构建风险特征的基因。将风险特征与临床病理因素结合,形成诺模图。采用ROC曲线和校准曲线来评价预测模型的有效性。最后,鉴定了四个自噬相关基因(DIRAS3、LGALS8、MAPK8和STAM),并用它们构建了一个风险标记,证明这是GBM患者的独立风险因素。此外,还根据风险特征和临床病理因素(IDH1状态、年龄和放疗或化疗史)绘制了列线图。ROC曲线和校正曲线表明列线图能准确预测GBM患者的1、3、5年生存率。在功能分析中,危险信号与细胞凋亡、坏死、免疫、炎症反应和MAPK信号通路有关。结论:综上所述,4个自噬相关基因的风险特征可作为GBM患者独立的预后因素。此外,我们开发了一个基于风险特征和临床特征的列线图,验证了该列线图对预测GBM的1年、3年和5年生存率有更好的效果。

结果

1. 筛选出4个自噬相关基因,构建了一个风险标记

共有531个自噬相关基因整合自HADb数据库和GSEA网站上的GO_自噬基因集。基于这些自噬相关基因的主成分分析证实了低级别胶质瘤(LGG)

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