SRA-Toolkit安装

根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类：

• Studies 研究课题
• Experiments 实验设计
• Runs 测序结果集
• Samples 样品信息

SRA中数据结构的层次关系为 Studies -> Experiments -> Samples -> Runs。

• Studies是就实验目标而言的，一个study可能包含多个experiments。
• Experiments包含了Sample、DNA source、测序平台、数据处理等信息。
• 一个experiment可能包含一个或多个runs。
• Runs表示测序仪运行所产生的reads。

SRA数据库用不同的前缀加以区分：

• ERP或SRP表示Studies；
• SRS表示Samples;
• SPX表示Experiments;
• SRR表示Runs;

下载数据使用专门的SRA工具:

1. 下载最新版SRA Toolkit

（1）进入NCBI官网，选择“Transfer NCBI data to your computer”

（2）选择“Download Tools”

（3）选择SRA Toolkit下载（4）选择自己需要的版本，我这里是选择了Ubuntu Linux 64位版本，获取下载地址后用wget命令进行下载

在ubuntu系统中，使用wget命令进行下载：
wget “https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz”

（5）解压并配置环境

tar xzvf sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz
cd ./sratoolkit.3.0.0-ubuntu64/bin
./vdb -config --interactive

弹出如下交互终端

按c直接进入配置信息，按TAB键切换到第一个choose选项，enter键可以进行文件夹的选择，是存放以后下载的SRA数据。这里需要提前建好一个空文件夹，若文件夹非空，则不会设置成功；
第二个choose存放的是SRA-Toolkit的可执行命令路径；
设置完成后按X保存退出。

按s保存，按enter。然后点击Esc两次退出。

接下来设置环境变量

vim ~/.bashrc
在末尾添加：export PATH=“$PATH:/XXXX/software/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64/bin”;
source ~/.basrc

设置环境变量，配置完成！！！可正常使用了。若再次安装不同的版本，需要再次设置。